土地承包經營權補償的理論基礎是：農村土地承包經營合同是一種實質性的民事合同。理論界有觀點認為農村土地承包經營合同具有行政合同的屬性，但筆者認為農村土地承包經營合同應屬于民事合同的范疇，并受《合同法》的規制。

雖然我國土地所有權主體、使用權主體和管理監督主體是混合的，但這些權利大多集中在政府機關。農村也是如此，土地承包方和基層土地管理者都屬于農村基層自治組織。然而，農村土地承包合同的訂立明確了承包人不可剝奪的權利，這顯然是土地所有人與土地使用者平等主體之間的民事權利義務約定。土地問題的監督責任是一種超越契約關系的簡單行政行為。在這里，我們不能混淆用人單位在土地承包經營關系中的權利、職能和作用。1999年，《最高人民法院關于審理農業合同糾紛若干問題的規定（試行）》規定：“農業合同當事人因合同糾紛向人民法院提起訴訟的，其中還規定“農業合同糾紛由合同履行地或者被告所在地人民法院管轄。”，人民法院審理合同糾紛，適用經濟合同審判原則。2003年《中華人民共和國農村土地承包經營法》的實施，體現了農村土地承包經營民事合同的性質。第十三條、第十四條、第十六條和第十七條明確規定了締約方和締約方的權利和義務。而且，法律明顯強化了締約方的權利，限制了締約方的權利。事實上，農村土地承包經營合同立法之前是去掉了行政合同的色彩?？梢哉f，‘集體經濟組織’或‘農村村委會’不是土地承包的管理者，而是土地所有人面對土地承包經營者所形成的平等主體之間的民事法律關系?！薄稗r村土地承包經營”將擺脫與“農村土地簡單使用”概念的混淆。那么，作為民事合同范疇，面對被征收的土地，即面對“農村土地承包經營合同”的終止，“土地承包經營權”的補償依據是什么？

國家征收公益性土地是強制性的，征收土地的行政行為將導致“農村土地承包合同”的終止?！锻恋毓芾矸ā返谒氖邨l規定：“征收土地的，應當按照被征收土地的原用途給予補償”，即土地征收補償是法律確定的原則“農村土地承包經營合同終止”是指發包人喪失土地所有權和土地承包收益，承包人喪失“土地使用權和土地經營權”。以上內容屬于賠償范圍。另外，土地征收是一種具有行政行為性質的國家強制行為。但是，土地補償費顯然具有民事性質，土地補償請求權也屬于民事權利的特征。因此，在具有民事性質的賠償基礎上，賠償單位與賠償受益人也應具有平等的法律關系。在法律補償規范中，農村土地承包雙方當事人享有平等的獲得補償的權利。在現實中，忽視或虛構“土地承包經營權”的補償對象、承包人在“農村土地承包經營”合同中享有的“土地承包經營權”和“收益權”的地位，以及“土地承包的投入損失”應當承擔的責任，是違背民法“公平原則”的不能因為征地而被剝奪。第二，農村土地承包經營權屬于產權。目前，我國《物權法》正在起草和征求意見，農村土地承包經營權屬于物權一種觀點得到了很多人的支持，“農村土地承包經營權”具有物權的特征，在土地立法和政策制定中應作為物權加以保護征收補償。你知道嗎