不利的自然條件是指施工中遭遇到的實際自然條件比招標文件中所描述的更為困難和惡劣，是一個有經驗的承包商無法預測的不利自然條件與人為障礙，導致了承包商必須花費更多的時間和費用，在這種情況下，承包商可以向業主提出索賠要求。

⑴地質條件變化引起的索賠。一般來說，在招標文件中規定，由業主提供有關該項工程的勘察所取得的水文及地表以下的資料。但在合同中往往寫明“承包商在提交投標書之前，已對現場和周圍環境及與之有關的可用資料進行了考察和檢查，包括地表以下條件及水文和氣候條件。承包商應對他自己對上述資料的解釋負責”。針對此項條款，客觀公正地說，是有損施工單位的合法權利的，因為在非設計、勘探、施工總包合同中，特別是對地質條件，承包商雖有責任全面了解地質資料，但在合同范圍內，并沒有進行獨立的地勘的合同義務，其對地質條件的理解，更多的是依賴于工程建設第三方合同――地勘單位所提供地質資料，而對于地質資料的真實性與完備性，地勘單位應當負責，而不應由施工承包商來承擔其責任。通常合同條款中還有一條“在工程施工過程中，承包商如果遇到了現場氣候條件以外的外界障礙或條件，在他看來這些障礙和條件是一個有經驗的承包商也無法預見到的，則承包商應就此向監理工程師提交有關通知，并將一份副本交業主。收到此通知后，如果監理工程師認為這類障礙或條件是一個有經驗的承包商無法合理預見到的，在與業主和承包商適當協商以后，應給予承包商延長工期和費用補償的權利，但不包括利潤”?；诖丝钆c前款所述“承包商應對他自己對上述資料的解釋負責”的兩條并存的合同條款，往往會成為合同當事人雙方各執一詞爭議的緣由所在，這一點，在投標過程中應予以必要的重視，投標方在招標文件澄清資料中應予以提出，以便合同當事人的合同權利的保障及合同索賠。

例如：某承包商投標一個中型水電站，合同中要求施工方根據已有的資料自行對圍堰進行設計和施工，費用總包。從業主發出招標通知到投標截止日不足一個月，承包方根據初設文件資料對圍堰進行了設計，圍堰總報價77萬元。在施工過程中，承包商施工的防滲墻滲水量較大，承包方在已成型的防滲墻上進行補孔補漏，基坑開挖才得以繼續進行，但圍堰施工成本達到150萬元以上。在基抗開挖完成后承包方發現除河床面存在許多大于2m3的大孤石外，實際河床基巖面高程也比大壩初設圖紙標示的基巖高程降低2米，承包商以地表以下地質資料存在錯誤為由要求索賠，補償圍堰施工增加的防滲墻費用和圍堰初期滲水嚴重造成的抽水費用增加共計78萬元。業主以招標文件規定“現場資料中所列出的水文、氣象、水文地質、水力學數據，不應認為是十分完備的，承包人在使用這些數據時應進行論證復合，不能因資料中數據造成損失減輕承包人的責任?！睘橛刹挥鑼徍?。若在投標時承包方提出合同條款有矛盾之處，地表以下的資料不是本合同的范圍，即不影響投標，也給后期因地表以下資料錯誤造成影響的索賠提供了保障。合同當事人在合同中應明確約定，合理的風險預見,即”一個有經驗的承包商能夠預見的風險”和針對這種風險所采取的措施,如最大的免賠雨量,最大的洪水流量等,即對風險因素給予量化,在這種量化的基礎上,實施合同索賠的管理,可以最大限度地避免爭議.

②工程中人為障礙引起的索賠。在施工過程中，往往會因為遇到地下構筑物或文物或地下電纜、管道和各種裝置，而導致工程費用增加，如原投標是機械挖土，而現場不得不改為人工挖土，只要給定的施工合同、施工圖紙末預標明，合同的當事人均可提出索賠，當然地下電纜、管道和各種原安裝或所有單位的設施應例外，即對這些地下情況當知且應知的例外。