1、相同點：第一，都是一種證據;第二，鑒定的基本程序相似;第三，法院審查與評斷的標準基本相似;第四，在實際判案中的效力基本相似。

2、差異性。

第一，兩者之間構成邏輯上的包容關系。按照《醫療事故處理條例》第二條的規定：“醫療事故，是指醫療機構及其醫護人員在醫療活動中，違反醫療衛生管理法律、行政法規、部門規章和診療護理規范、常規，過失造成患者人身損害的事故。”同時規定造成患者死亡或殘疾的，分別構成一至三級醫療事故，如果造成患者明顯人身損害的其他后果的則構成四級醫療事故。該規定較老的《醫療事故處理辦法》擴大了醫療事故的處理范圍，將一般性醫療過錯(此處指狹義的過錯)構成的事故也歸入其中。但實踐中，有些過錯很難達到事故的定性標準，但卻給患者造成了損害，怎么辦?實踐中就出現了醫療過錯司法鑒定。而且已有司法鑒定機構自去年開始,就受理對醫療事故技術鑒定結論不服的復核鑒定申請，進行醫療過錯(此處指廣義的過錯)司法鑒定，這一實踐擴大了醫療過錯鑒定的范圍，使兩者間構成包容關系。

第二、兩者的鑒定主體不一?，F行醫療事故鑒定主體是各級醫學會，而鑒定專家多是各級醫院的任職醫師，由于不可避免的原因，在實踐中就難免會發生不公正的現象。而司法鑒定主體特別是上海市司法鑒定中心，直接受上海市司法局領導，經上海市司法鑒定工作委員會授權，承擔各類司法鑒定委員會的鑒定組織工作，是一個面向社會的鑒定機構。其下的上海市人身傷害司法鑒定專家委員會直接開展對醫療過錯的司法復核鑒定。其鑒定人員都是具有高級職稱的專家，雖然與醫學會的專家有一定的重合，但由于要求特別嚴謹，所以鑒定結論有明顯差異，實踐中也出現多起醫療事故鑒定被司法復核鑒定推翻的案例。

第三，兩者的庭審質證程序明顯不同。按照《條例》，只有衛生行政部門才能對醫療事故鑒定結論進行審查，那么，在司法審判實踐中，法院應如何審查?這似乎是一個很難的問題。其實在《人民法院對外委托司法鑒定管理規定》及《人民法院司法鑒定工作暫行規定》中，對鑒定結論的審查都規定了詳細的程序及標準，特別規定鑒定人有依法出庭宣讀鑒定結論并回答與鑒定相關提問的義務。然而，我們不難發現，在現行醫療事故鑒定報告上均無鑒定人員的簽名，也就讓法院無法通知鑒定人到庭接受質證，這一重要的司法審查程序根本無法進行，于是許多鑒定結論在沒有充分審查的情況在就被采信了。而在司法鑒定中，每一份鑒定報告書上均有鑒定人員的簽名，如果當事人對鑒定結論不服均可申請鑒定人員出庭接受質證，在這樣嚴謹的司法審查程序下，法院作出的判決是公正的。