大股東權利濫用的根源可以從市場結構和法律制度缺陷兩個方面來分析。由于證券市場是改革開放和計劃經濟向市場經濟轉型的產物，而不是成熟市場經濟條件下自發形成的，必然存在許多不符合市場經濟要求的問題。上市公司股本構成的劃分和差別待遇是大股東權利濫用存在的物質條件和基礎。（分析主流資本的真實目的，尋找最佳盈利機會！）上市公司的股本可分為兩類：流通股（即公眾股）和非流通股（主要是國有股和法人股）。占股票市場2/3的非流通股不能上市流通，占1/3左右的公眾股可以自由轉讓。流通股與非流通股的收購成本存在較大差異。流通股通過一級市場溢價發行和二級市場交易獲得。流通股的收購成本遠高于國有股和法人股。兩種股票的收購成本相差數倍甚至幾十倍。一方面，大股東以低價取得的多數股權使其在上市公司中處于控股地位，在行使股東大會的召集權、提案權和表決權方面具有絕對優勢。另一方面，非流通股不能在證券市場上市，使得大股東無法獲得經濟快速增長帶來的股價升值的直接利益。同時，它不必承擔股價下跌所造成的損失。因此，無論是絕對控制還是相對控制，大股東和持有流通股的中小股東都是不同的利益集團。這種情況決定了持有流通股的中小股東與持有非流通股的大股東對證券市場權益的關注程度不同。事實上，對同一上市公司的股本進行不同的劃分和處理，違背了市場經濟條件下公司法律制度中同股同權、同股同價、自由轉讓的原則。我國公司法律制度缺乏對大股東權利限制和中小股東特別保護的規定，中小股東侵權后民事訴訟機制的缺失，是大股東權利濫用的法律根源。

旨在保護公司和中小股東合法權益，防止大股東及其派出的董事、監事濫用其有利權利，為中小股東提供司法救濟的各種制度，如召集權、代理權等中小股東大會提案權、類別股東大會決議、利害關系股東表決權回避制度、直接訴訟和派生訴訟等，早已在發達國家和地區的公司法律制度中確立和實施。我國《公司法》雖然以保護股東合法權益為立法宗旨，但對上述內容的規定卻很少。雖然該法第104條規定“持有公司10%以上股份的股東”有權召集臨時股東大會，但該規定過于原則化，在實踐中缺乏可操作性，存在一些問題：一是沒有明確持有公司10%股份的概念公司單獨或共同持有的股份及其持有期限；二是以持有上市公司10%以上股份為標準實際上排除了中小股東真正意義上的行使權利；三是何時提出請求、如何救濟等問題董事會不通過后一直沒有解決。但《公司法》并未對中小股東的提案權、分類股東大會和利害關系股東回避表決制度進行規定。在股東訴訟救濟方面，《公司法》第111條規定：“股東大會、董事會的決議違反法律、行政法規，侵害股東合法權益的，股東有權向人民法院提起訴訟，要求停止違法行為和侵權行為。”雖然（中小）股東享有直接訴訟權，但本條仍存在以下問題：一是股東大會和董事會決議違反法律法規時，股東方可提起訴訟，不包括違反公司章程等可能發生的侵權案件，訴訟范圍過窄；二是沒有民事責任，只能起訴制止侵權；三是起訴對象僅限于股東大會和董事會，不包括操縱股東大會和董事會及其派出的董事、監事的大股東；四是沒有規定股東派生訴訟權。為了建立和完善現代企業制度，規范上市公司的運作，我國在公司治理結構、投資者權益保護、上市公司高級管理人員行為規范和職業道德等方面做出了一些積極有益的規定，并在一定程度上提供了借鑒彌補了《公司法》的不足。但由于《治理指引》和《規范性意見》不是法律，甚至行政法規也不是法律，只是部門規章，因此這兩個規范性文件的效力將大打折扣。其次，雖然兩個文件規定上市公司大股東、高級管理人員應當履行職責和義務，并規定相關股東“對召集、召開、表決程序和決議的合法性有異議的，可以向人民法院提起訴訟對于違反兩個文件的相關規定，如何承擔責任和承擔何種責任，目前尚無標準，無法做出決定。人民法院不能根據上述文件的規定取得對這些糾紛的管轄權并作出實質性判決，這些規定也不能成為股東起訴的法律依據。三是這兩個文件仍然是根據我國證券市場獨特的股權結構制定的，沒有專門的制度內容來限制大股東利益，保護中小股東利益。因此，不可能解決大股東與中小股東之間的矛盾，更不可能解決大股東與中小股東之間現有的法律平等和事實上的不平等。證券市場建立以來，在股權結構問題得不到解決，法律不健全的情況下，如何防范，大股東肆無忌憚掏空上市公司、侵害中小股東權益的事件時有發生。加強監管打擊，依靠行政處罰和刑事處罰，只能暫時和部分解決問題，卻無法從根本上遏制大股東的惡意行為。而且，行政監管資源的有限性和行政處罰的有限性，使得大股東不可能侵害上市公司和中小股東的權益。防范大股東侵權行為的發生和如何保護中小股東權益是兩個方面的問題。要解決這一問題，首先要解決上市公司不同股本構成所形成的各類股東權利義務不平等的問題，即解決流通股與非流通股權利義務分離的問題。這意味著：一是流通股和非流通股的價格要一致，收購成本也要一致；二是價格和成本一致的前提是非流通股的流通；三是結果必須是同一股同一權。經過12年的發展，我國證券市場已進入起步階段。在雙軌制前提下建立起來的股票市場的股本結構越來越不適應市場經濟的要求。特別是中國加入世貿組織以后