國稅函[2009]3號文件明確指出，《實施條例》第三十四條所稱“合理工資”，是指企業按照股東大會、董事會制定的工資薪金制度實際支付給職工的工資薪金，薪酬委員會或相關管理機構。當稅務機關確認工資薪金的合理性時，可以遵循以下原則：（1）企業制定了相對規范的職工工資制度；（2）企業制定的工資制度符合行業和地區水平；（3）企業在一定時期內支付的工資、薪金相對固定，工資薪金調整有序；（4）企業對實際支付的工資薪金依法履行了代扣代繳個人所得稅的義務；（5）工資薪金的安排不得以減稅、逃稅為目的《企業所得稅法》及其實施條例中的工資性支出主要包括兩個方面：一是對處于“職務或雇傭關系”的職工實際提供的服務，因職務或雇傭關系支付的勞動報酬應當與支付的勞動有關，這是判斷工資薪金支出合理性的主要依據。所謂服務或雇傭關系，一般是指一切連續的服務關系。服務提供者或雇員的主要收入或很大一部分收入來自服務企業，這種收入基本上代表了服務提供者的勞動。二是薪酬總量合理。與雇傭或雇傭有關的所有費用，包括現金或非現金報酬。國稅函[2009]3號文件對《實施條例》第34條所述的“合理工資待遇”作了進一步補充，強調“企業按照股東大會制定的工資薪金制度實際支付給職工的工資待遇，董事會、薪酬委員會或相關管理機構“合理”。同時，國稅函[2009]3號文件給出了地方稅務機關確定企業工資薪金合理性的五個指導原則。具體操作由地方稅務機關根據當地社會經濟發展水平和不同企業情況辦理，并考慮當地同行業從業人員平均工資水平。企業必須建立健全內部工資薪金管理制度。他們支付的工資應該是相對固定的，每次工資調整都要有記錄可查，有規律可循；特別要注意個人所得稅是否及時足額代扣代繳，每次發放工資薪金，國有企業工資薪金總額不得超標p>

根據國稅函[2009]3號文件，《實施條例》第四十條、第四十一條、第四十二條所稱“工資薪金總額”，是指企業按照本通知第一條規定實際支付的工資薪金總額，不包括福利費，職工教育費等工會經費支出，養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費、住房公積金等社會保險費。國有企業的工資、薪金不得超過政府有關部門規定的限額；超出部分不計入企業工資薪金總額，也不在計算企業應納稅所得額時扣除。

根據上述政策，《實施條例》和國稅函[2009]3號文件強調了工資薪金扣除的實際支付，其范圍僅指工資薪金，即必須實際支付工資薪金總額，實際支付的工資薪金總額不包括所謂的“三費五險一金”，這與新企業會計準則規定的“職工薪酬”范圍有明顯區別。企業在計算所得稅工資薪金總額時，至少要掌握以下內容：一是實際工資薪金是計算稅法規定的職工福利、職工教育經費、工會經費等相關指標稅前扣除限額的基本依據。企業應當按照“應付工資”或者“應付工資-工資”科目分別計算工資、薪金總額；二是不合理的工資待遇，即使實際發放也不能扣除。比如，國有企業的工資、薪金超過政府有關部門規定的限額不能扣除；三是超額工資薪金本身不應計入所得稅前扣除的“工資薪金總額”，不能作為計算職工福利、職工教育經費、工會經費稅前扣除限額的依據，etc