納稅人首先以工資總額增長幅度低于經濟效益(本參考設定為應納稅所得額)增長幅度的原則(見下述公式)計算當年允許計提工資薪金支出，然后以“實際發放”的原則確定稅前扣除的工資薪金支出。

“實際發放”的原則是提取的效益工資用于建立工資儲備的部分、未發放的部分或者改變用途(包括將應付工資贈送給其他納稅人的)的部分不得在稅前扣除，在申報企業所得稅時作納稅調整增加處理;以后年度實際發放時允許稅前扣除，在申報企業所得稅時作納稅調整減少處理。但是，納稅人在1998年及以前年度的工資節余(一般稱為“老節余”)，不論何時動用，均不作納稅調整。

二、工效掛鉤幾個概念

(一)工資總額基數。工資總額基數為上年度按規定允許計提的工資薪金支出;如果納稅人上年度實提工資薪金支出小于上年度允許計提的工資薪金支出，則工資總額基數為上年度實提工資薪金支出。納稅人上年度實提的工資薪金支出超過允許計提工資薪金支出的部分，不得作為工資總額基數。

如：納稅人上年度按規定允許計提的工資薪金支出是40萬元，但納稅人實際在成本列支工資(即實提)是35萬元，那么其工資總額基數是35萬元。如果納稅人實際在成本列支工資(即實提)是45萬元，那么其工資總額基數是40萬元。

(二)應納稅所得額基數(或虧損基數)。應納稅所得額基數(或虧損基數)為上年度經稅務機關檢查，或稅務師事務所(或會計師事務所)審核后的應納稅所得額(或虧損額)[即企業所得稅年度納稅申報表反映的應納稅所得額(或虧損額)]，減去因形成工資儲備或加上因動用1999年及以后年度工資儲備而發生的納稅調整額后的數額(即未作因形成工資儲備或動用1999年及以后年度工資儲備而作納稅調整前的所得額)。同時還考慮第四點的計算口徑。

如：稅務師事務所出具的2004年《廣東省企業所得稅年度納稅申報表》中反映的“應納稅所得”為25萬元，附表二《工資薪金和職工福利等三項經費明細表》第13行第3列反映的“本年動用或留存工資儲備額”是-10萬元(負數表示是形成工資儲備，作納稅調整增加處理)，那么應納稅所得額基數是15萬元。

如果附表二《工資薪金和職工福利等三項經費明細表》第13行第3列反映的“本年動用或留存工資儲備額”是5萬元(正數表示是動用工資儲備，作納稅調整減少處理)，那么應納稅所得額基數是30萬元。

(三)掛鉤浮動比例。掛鉤浮動比例為1：0.9或以下，是指在保證應納稅所得額比上年度增長1%的前提下，工資薪金支出才能比上年增長0.9%或0.9%以下。納稅人在0.9%以下可自行選擇掛鉤浮動比例。如0.7%、0.8%等。

(四)當年實現毛所得額(毛虧損額)。當年實現毛所得額(毛虧損額)是扣除了工資總額基數及附計的“三費”(職工福利費、工會經費、職工教育經費)，但未扣除新增工資或加上減提工資及附計的“三費”，和未加上因形成工資儲備或未減去因動用1999年及以后年度工資儲備而發生的納稅調整額前的所得額(或減虧額)。

由于當年納稅人在成本列支的工資額不一定是工資總額基數，但在代入公式計算新增工資(或減提工資)時，必須虛擬以工資總額基數計入成本而不是實列工資計入成本的毛所得額(毛虧損額)。

另外納稅人只有正確計算了允許計提工資薪金支出，才可根據其實際發放的工資額計算其當年形成或動用工資儲備的數額。所以在計算毛所得額時不應考慮當年形成或動用工資儲備的納稅調整數額。

如當年進入成本費用工資45萬元后所得額為50萬元(除工資、計劃生育獎外其他項目已作納稅調整，“三費”略)，工資總額基數是40萬元，那么其當年毛所得額=50+45-40=55萬元。

如果當年進入成本費用工資30萬元后所得額為50萬元(除工資、計劃生育獎外其他項目已作納稅調整，“三費”略)，工資總額基數是40萬元，那么其當年毛所得額=50+30-40=40萬元。