減免稅范圍有限定，不屬于免稅范圍的要征稅

原耕地占用稅政策規定，經批準征用的耕地用于鐵路線路的，免征耕地占用稅，此處所說的鐵路線路，是指鐵路線路以及按規定兩側留地和沿線的車站、裝卸用貨場倉庫用地。鐵路系統其他堆貨場、倉庫、招待所、職工宿舍等用地均不在免稅之列。

同時，新修訂的《耕地占用稅暫行條例》第九條規定，鐵路線路、公路線路、飛機場跑道、停機坪、港口、航道占用耕地，減按每平方米2元的稅額征收耕地占用稅。根據實際需要，國務院財政、稅務主管部門商國務院有關部門并報國務院批準后，可以對前款規定的情形免征或者減征耕地占用稅。《耕地占用稅暫行條例實施細則》第十三條規定，減稅的鐵路線路，具體范圍限于鐵路路基、橋梁、涵洞、隧道及其按照規定兩側留地。專用鐵路和鐵路專用線占用耕地的，按照當地適用稅額繳納耕地占用稅。從上述政策可知，免稅或減稅的鐵路線路具體范圍限于鐵路路基、橋梁、涵洞、隧道及其按照規定兩側留地。其它用地如不是直接為農業生產服務均應照章征收耕地占用稅。耕地占用稅以納稅人實際占用的耕地面積為計稅依據，按照規定的適用稅額標準計算應納稅額，實行一次性征收。計算公式：應納稅額=實際占用的耕地面積×適用稅額標準。

例1：某市A鐵路線路征用耕地20萬平方米。其中修建鐵路路基、橋梁、涵洞、隧道及其按照規定兩側留地占用耕地為16萬平方米，修建鐵路系統其他堆貨場、倉庫、招待所、職工宿舍等用地2萬平方米，修建影劇院等職工活動場所用地2萬平方米。因該鐵路線路所在地區是人均耕地1畝以下的地區，政府規定繳納耕地占用稅應適用幅度稅額的上限，即10元/平方米。假設當地規定鐵路線路減按每平方米2元的稅額征收耕地占用稅，那么其占用耕地應納耕地占用稅=160000×2+(20000+20000)×10=320000+400000=720000(元);如果當地經批準對鐵路線路免征耕地占用稅，則其占用耕地時應納耕地占用稅=(20000+20000)×10=400000(元)。

不再屬于減免情形的，按辦理減免稅時的適用稅額補稅

新修訂的《耕地占用稅暫行條例》第十一條規定，依照本條例第八條、第九條規定免征或者減征耕地占用稅后，納稅人改變原占地用途，不再屬于免征或者減征耕地占用稅情形的，應當按照當地適用稅額補繳耕地占用稅。《財政部、國家稅務總局關于耕地占用稅減免稅補征稅款等問題的批復》(財稅〔2009〕19號)規定“免征或減征耕地占用稅后，納稅人改變原占地用途，不再屬于免稅或減稅情形的，應按辦理減免稅時依據的適用稅額對享受減免稅的納稅人補征耕地占用稅”。

例2：承例1，該市為了推進城市化進程，將老城區進行改造，把鐵路線移位到郊外，在A鐵路線路位置上進行房地產開發。在老鐵路線位置上進行房地產開發，符合“免征或減征耕地占用稅后，納稅人改變原占地用途，不再屬于免稅或減稅情形的，應按辦理減免稅時依據的適用稅額對享受減免稅的納稅人補征耕地占用稅”。所規定情形，所以應從改變時起按照辦理減免稅時依據的適用稅額補繳納耕地占用稅。

A鐵路線路已納耕地占用稅=160000×2+(20000+20000)×10=320000+400000=720000(元)，而修建鐵路路基、橋梁、涵洞、隧道及其按照規定兩側留地占用耕地16萬平方米減征耕地占用稅后，納稅人改變原占地用途，不再屬于減稅情形，應按辦理減免稅時依據的適用稅額，即對享受減免稅的納稅人10元/平方米補征耕地占用稅。其改變原占地用途時應補納耕地占用稅=160000×(10-2)=1280000(元);如果當地經批準對鐵路線路免征耕地占用稅，則納稅人改變原占地用途，應按辦理免稅時依據的適用稅額對享受免稅的納稅人補征耕地占用稅。其改變原占地用途時應補納耕地占用稅=160000×10=1600000(元)。

已繳納稅款的耕地，在補辦占地手續時不再征稅

《財政部、國家稅務總局關于耕地占用稅減免稅補征稅款等問題的批復》規定，對于未經批準占用耕地但已經繳納耕地占用稅稅款的，在補辦占地手續時，不再征收耕地占用稅。