國際稅收管轄權的沖突主要有積極沖突和消極沖突兩種，前者是指兩個或兩個以上國家都對某一商務行使管轄權，后者則是指各國都不行使管轄權的情況。一個國家對國際貨物貿易和服務貿易采取什么原則征稅，取決于該國法律所規定的稅收管轄權基礎。發達國家要求擴大居民稅收管轄權，限制其他國家來源地稅收管轄權的實施范圍。發展中國家則從維護本國經濟利益出發，要求擴大本國的來源地稅收管轄權。但總體看來，所得來源地管轄權優先原則為各國所認同。出現電子商務后，“來源地”的判定發生了爭議。美國財政部1996年11月發表的《全球電子商務選擇性的稅收政策》一文公開表明其態度，其政策取向就是要加強居民稅收管轄權而不是來源地稅收管轄權，來源地稅收管轄權不會被拋棄，但可能會大大削弱，這勢必激起發展中國家的不滿，造成稅收管轄權的沖突。

另一方面，有關服務發生地通常是根據始發地標準、非純粹始發地標準以及服務提供地標準等進行確定的，其中最后一種標準主要針對的是培訓、教育、文化、娛樂和體育節目等。如果通過網絡提供專項，那么稅收管轄地又該如何認定呢?電子商務的發展，各國管轄權基礎的歧異，國與國之間稅收管轄權的潛在沖突會進一步加劇。若不積極采取國際協調措施，各國對電子商務收益的爭奪將日趨激烈，稅收管轄權的沖突的加劇將會影響到電子商務的發展。

2.“常設機構”的確定問題

常設機構是國際稅收管轄權的一個重要的連接因素，OECD范本和聯合國范本都規定，如果一個非居民在一國設有常設機構，并且通過常設機構從事經營活動取得所得，那么，該國就可以認定其所得是來源于本國，可以按來源地稅收管轄權征稅。在電子商務中，傳統的管理中心地、營業中心地、常設機構等基本概念都變得模糊不清，很難確定。而且，Internet的出現，使得企業無需在國外建立常設機構，便能在國際市場上進行交易。作為確定服務提供地重要因素的“常設機構”的概念，由于商品或服務通過Internet聯機提供而漸漸失去意義。許多國家的國內商人通過Internet購買外國商品和服務，外國銷售商并沒有在該國“登場”。按照傳統的常設機構標準，并不能認定外國銷售商在該國有常設機構，因而不能對外國銷售商在本國的銷售和經營活動征稅。

3.“交易地”的確定問題

網絡的全球性和不可視性，使電子商務的活動者之間具有不可知性和不確定性。作為用戶身份證實的注冊要求只是最低的要求，Internet上安排一個不可追蹤的網點易如反掌，這就使.Internet網址與供貨履行或消費活動實際發生的位置之間的聯系相當微妙。雖然網址可以使你知道(SPDInternetServiceProvider)是誰，但他決不會讓你知道任何連接在Internet網址上的那臺計算機的情況，甚至也不會知道那個機器所處的位置。在這種情況下，稅務機構難以對交易進行追蹤，無法確定交易所在地和發生地，給稅收管轄權的行使造成一定的困難。尤其對關稅而言，這一網上交易是否跨越了國境，無從得知。即使稅收當局知道是一跨國交易，也可能因為無法確定交易者的身份，而無從征收關稅。

4.國際避稅和反避稅問題

國際避稅是指跨國納稅人在不違反稅法的前提下，通過人和資財的國際移動，以謀求最大限度地減輕稅收負擔的行為。電子商務的出現對納稅人服從稅法產生影響，為納稅人避稅提供了有利的條件，有可能帶來黑色經濟的機會。電子商務的黑色經濟手段是高科技的，其結果是隱蔽的。在Internet上，交易是無形的，交易與匿名支付系統聯接，沒有有形的合同，其過程和結果不會留下痕跡作為審計線索，使確定納稅人的身份或交易的細節變得十分困難。沒有明確的納稅人或交易數字，很難保證以追求利潤最大化的商事交易者遵守稅法。Internet為國際避稅行為提供了更好的外部環境，特別是對跨國公司而言，Internet的應用使得對跨國公司內部價格轉移的監管、控制變得更加困難，網絡的發展促進了跨國集團內部功能的完善和一體化，操縱轉讓定價，轉移利潤，從事國際稅收籌劃更得心應手，利用國際避稅地避稅、偷稅的機會與日俱增，如國際避稅地安提瓜已在Internet上建立了網址，并宣布可向使用者提供“稅收保護”。因此，電子商務條件下的避稅和反避稅的斗爭將更加激烈。