國家稅務總局《關于印發房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法的通知》(國稅發[2009]31號)第三十二條針對有關預提(應付)費用在企業所得稅稅前扣除的問題作出了相應規定，其中兩項內容是：

第一，出包工程未最終辦理結算而未取得全額發票的，在證明資料充分的前提下，其發票不足金額可以預提，但最高不得超過合同總金額的10%。

第二，公共配套設施尚未建造或尚未完工的，可按預算造價合理預提建造費用。此類公共配套設施必須符合已在售房合同、協議或廣告、模型中明確承諾建造且不可撤銷，或按照法律法規規定必須配套建造的條件。

由此可見，開發企業對尚未支付的質量保證金在進行企業所得稅方面的納稅籌劃時，首先要保證提取質量保證金的及時性和合理性。所謂及時性，是指開發企業應將質量保證金歸集到所屬年度的開發成本中;所謂合理性，是指開發企業提取的質量保證金的金額，應有對應的經濟事實、項目資料作為支撐，例如施工合同、工程預算及進度資料等。其次，開發企業在年度企業所得稅匯算清繳時，應注意主管稅務機關對上述預提(應付)款項備案方面的管理要求。最后，開發企業應對預提(應付)款項(包括應付未付的質量保證金)與提取當年稅前扣除金額、已稅前扣除金額及最終開票結算價款不一致的金額作正確的納稅調整，并建立系統的納稅調整臺賬。

在土地增值稅方面，國家稅務總局《關于土地增值稅清算有關問題的通知》(國稅函[2010]220號)規定，房地產開發企業在工程竣工驗收后，根據合同約定，扣留建筑安裝施工企業一定比例的工程款，作為開發項目的質量保證金，在計算土地增值稅時，建筑安裝施工企業就質量保證金對房地產開發企業開具發票的，按發票所載金額予以扣除;未開具發票的，扣留的質保金不得計算扣除。該項規定的意思是，未開具發票的，扣留的質保金所對應的開發成本在土地增值稅清算時不得計算扣除。如果房地產開發企業在土地增值稅清算時，因未能取得票據而不得計算扣除這部分開發成本，在土地增值稅分項目或分期清算、房地產開發項目滾動開發的情況下，開發企業在某項目或某期開發產品土地增值稅清算后償付質保金并取得的票據如何處理呢?是計入下一期的開發成本還是“過期作廢”?如果計入下一期開發項目的開發成本，可能影響各期開發成本的真實性，同時為人為調節各期的土地增值額和土地增值率留下了空間，與土地增值稅分項、分期清算的目標相違背。如果“過期作廢”，則對房地產開發企業有失公平。

針對上述問題，建議開發企業結合開發項目特點進行合理籌劃。由于同一地塊分期、滾動開發的特點，決定了開發成本結算也會分期、滾動發生，只要前后幾期項目中的某一分部工程(如土建、安裝、裝飾等)是由同一施工企業完成的，那么，開發企業可以將應扣留的已完工的前期工程項目質保金在后一期應結算的工程進度款中扣留，同時與施工企業簽訂補充合同明確約定，一旦已完工項目存在質量問題，在后一期項目進度款中扣留的質保金將不予支付，進而要求對方將前期已完工工程按結算價款全額開票。至于最后一期開發項目，開發企業在進行施工質量管理和工程價款結算時，應在充分考慮稅法的要求，盡可能在土地增值稅清算期內取得與全部開發成本相應的合法憑證。