1、商住兩用房無法遷入戶口，這就意味著即使周邊區域內有好的教育資源，子女因戶口不能遷入也無法就近入學;

2、50年產權屬于商業地產，政策上是要征收房產稅的，每年征收購房價格的0.84%，但是現在實際上沒有執行這一條，以至于絕大多數人都不知道，未來政策走向就不好說了，住宅要開始收增量的話商住樓的房產稅估計也是要收的了。

3、賣出時交易稅費高。商業地產過戶時需要繳納各種各樣的稅費，個人所得稅是必征的(不像住宅可以滿五唯一的情況下免除)，契稅按3%征收。這也是為什么商住樓的價格跟住宅比總是炒不上去的原因之一。購買時不實行稅費優惠的政策。普通住宅購房時有許多優惠的稅費政策，但購買商住兩用房時沒有相應的稅費優惠政策。

4、物業、水電、公共維修基金等費用較高。由于商住兩用房的水電價格實行商業用標準，較之一般生活用標準要相對較高;物業收費也較少受到政府部門的限制;公共維修基金也與商戶就共有所有權部分的維修進行平攤。上述原因造成商住兩用房在日程生活中產生的費用較高;

5、產權40年或者50年。一般住宅的所有權為70年，在到期后可以自動續期，而商住兩用房、產權40年或者50年，在到期后不是自動續期，并且要補交土地出讓金;

6、商住樓的公攤面積一般都比較大，得房率略低。不過商住樓的優點也是顯而易見的，不限購，不占房票，不影響首套房貸，一般以小戶型為主，租金高，樓內環境較好。

7、沒有完備的生活配套服務設施。商業項目一般不強制性要求設計配套服務設施，例如學校、商業、居委會等，也就是說沒有配套的幼兒園、學校，也沒有配套的醫療、養老服務等。這樣就會給購買后的日常生活帶來諸多不便;

8、按揭貸款實行商業用房標準。商住兩用房首付50%，貸款利率為普通住宅的1.1倍，貸款年限最多為10年，并且不能用住房公積金貸款;

房地產市場有很多項目是商住兩用房，因此，水電是否是商住，產權證上面房子的產權年限是長時間，是不是小產權房，都是購房者需著重要考慮的。購房者購房之前一定要看清楚幾證。第一要看預售許可證上的房屋用途標注是什么。第二，如果寫的是商住，是不是就是指商住樓?第二要看土地證。有的土地證里面有多個期限。每一塊項目的用途不同，期限也不一樣，比如說，土地證可能會有兩個期限，有70年，有50年的。接著要看建設工程規劃許可證，看項目用地地塊規劃到底是什么，是否和預售許可證上面的內容一致。