在一般的案件中最先接觸案件的是偵查機關，也是最先進入訴訟程序的，并且犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行為也必須由偵查機關在實踐中查證屬實?？梢钥闯鰝刹闄C關在立功的認定上是存在優勢的，但是，他也有其無法克服的弱點。偵查機關在偵查中很可能產生先入為主的思想;也有可能為了掩蓋自己在偵查中的過失或是錯誤，而無視犯罪嫌疑人、被告人或罪犯的立功行為;粗心的偵查機關也有可能將立功行為遺漏。在沒有一個良好的監督體制下這是相當危險的，會造成偵查機關的瀆職，會對有立功表現的犯罪嫌疑人不公，更會放縱其他的犯罪行為。

審判機關是確定被告人有罪無罪，罪重罪輕的最終的決策機關。看上去，審判機關作為認定立功的機關將是最為合理的。但是審判機關也有其無法克服的弱點。立功表現多涉及其他案件，審判機關在審判中不宜過多地考慮與本案無關的事實，以免在審判其他案件時先入為主。同時，在立功表現中有很多是偵查機關正在辦理的案件，不可能在很短的時間內交于審判機關，并且在案件尚在偵查的過程中有些事實不宜過早的公開。審判機關在審判案件時，是被要求及時審判，沒有特殊情況是不允許超過審判時限，并且審判機關不能對未偵查終結，檢察機關未提起訴訟的案件進行定性。為了保證被告人的合法權利，為了案件可以及時審判，審判機關對立功表現不宜做實質性的審查。

筆者認為，確認立功的機關應該是以檢察機關為主，公安機關以協助，由審判機關通過程序性審查做最終確認的三機關相互協作，相互配合的結果。理由如下：

首先，檢察機關與偵查機關的聯系密切，對偵查機關的工作情況也特別了解，同時檢察機關根據法律的規定可以提前介入偵查機關的工作。這使檢察機關在偵查機關初查立功時給予一定的幫助，并且可以糾正偵查機關在對立功的初查過程中的不法或是違規的行為，保證對立功的初步認定合法、公平、公正，為檢察機關對立功的實質性認定做充分、良好的準備。

其次，檢察機關依法會對全案進行審查，此時犯罪嫌疑人會因為案件已經進入審查起訴階段，繼續頑抗將會對自己在審判時不利而會盡力和檢察機關合作，為減輕自己的罪行而做他們可以作到的一切。這時自首和立功就是他們的首選。檢察機關會根據法律的規定對犯罪嫌疑人的立功行為進行全面的審查和分析，以做到最為公正的認定。偵查機關認為有立功行為的，檢察機關經過依法全面的審查，認為不符合立功條件的，不予認定為立功，偵查機關或犯罪嫌疑人如有異議，可以申請檢察機關復議，由檢察機關作出最后的認定;偵查機關在移送審查起訴時沒有提出犯罪嫌疑人有立功行為，經檢察機關的審查認為犯罪嫌疑人有立功行為或有立功的可能，可以直接認定立功或要求偵查機關補充偵查后作出是否存在立功的認定。