1、行政復(fù)議制度的功能難以發(fā)揮在行政復(fù)議制度的實(shí)際運(yùn)行中，某些行政復(fù)議機(jī)構(gòu)形同虛設(shè)：一方面，這些行政復(fù)議機(jī)構(gòu)沒(méi)有起到化解糾紛的功能;另一方面，公民對(duì)這些復(fù)議機(jī)構(gòu)信任程度不夠。造成這種現(xiàn)象的原因主要有：首先，復(fù)議機(jī)關(guān)與作出的行政機(jī)關(guān)具有行政隸屬關(guān)系，這就決定了復(fù)議機(jī)關(guān)在裁決行政糾紛時(shí)難以十分公正;復(fù)議機(jī)關(guān)有時(shí)出于照顧上下級(jí)關(guān)系或整體與部門的關(guān)系而支持原行政機(jī)關(guān)的工作，有時(shí)甚至行政行為在作出之前就已經(jīng)先行請(qǐng)示過(guò)上級(jí)(復(fù)議)機(jī)關(guān)，這樣原行政機(jī)關(guān)的決定實(shí)際上就已經(jīng)體現(xiàn)了復(fù)議機(jī)關(guān)的意志。其次，復(fù)議機(jī)關(guān)不愿當(dāng)被告的心理，也影響了行政復(fù)議決定的公正性。我國(guó)《》規(guī)定，復(fù)議機(jī)關(guān)改變?cè)唧w行政行為的，一旦被，復(fù)議機(jī)關(guān)將成為被告;因而有些復(fù)議機(jī)關(guān)為了不當(dāng)被告，對(duì)于受理的復(fù)議案件，常常不問(wèn)青紅皂白，維持了事;另外，在實(shí)踐中某些領(lǐng)導(dǎo)人觀念落后，把是否被起訴和否敗訴作為行政機(jī)關(guān)政績(jī)考核的標(biāo)準(zhǔn)，這也是復(fù)議機(jī)關(guān)草率維持原具體行政行為的原因之一。再次，復(fù)議機(jī)關(guān)從事復(fù)議工作的人員不足，素質(zhì)不高，專業(yè)化不強(qiáng)，是行政復(fù)議決定公正性不夠的內(nèi)在原因。直到目前，我國(guó)尚沒(méi)有法律對(duì)行政復(fù)議人員的任職資格作出規(guī)定。沒(méi)有高素質(zhì)、專業(yè)化的復(fù)議人員，就不可能有高質(zhì)量的復(fù)議裁決。

2、行政復(fù)議機(jī)構(gòu)不統(tǒng)一、不獨(dú)立沒(méi)有相對(duì)統(tǒng)一和獨(dú)立的行政復(fù)議機(jī)構(gòu)，既不利于公正地進(jìn)行行政復(fù)議，也不利于機(jī)構(gòu)精簡(jiǎn)。我國(guó)的行政復(fù)議機(jī)構(gòu)分別隸屬于各級(jí)不同的人民政府和不同的行政職能部門。各級(jí)人民政府和各行政職能部門根據(jù)自己的實(shí)際情況設(shè)立主管行政復(fù)議的工作機(jī)構(gòu)，沒(méi)有一套統(tǒng)一的行政復(fù)議機(jī)構(gòu)體系。這樣就很容易產(chǎn)生各種弊端。首先，不能公正地進(jìn)行行政復(fù)議裁決。主持復(fù)議的行政機(jī)構(gòu)完全聽(tīng)命于其所屬的行政首長(zhǎng)，沒(méi)有自主決定權(quán);而其所屬的復(fù)議機(jī)關(guān)又與作出具體行政行為的行政機(jī)關(guān)有千絲萬(wàn)縷的聯(lián)系。其次，沒(méi)有統(tǒng)一的復(fù)議機(jī)構(gòu)體系，違背了行政機(jī)關(guān)的精簡(jiǎn)效能原則，造成機(jī)構(gòu)臃腫，加重了各級(jí)各類行政機(jī)關(guān)的負(fù)擔(dān)。同時(shí)，在各級(jí)政府和各類職能部門設(shè)立行政復(fù)議機(jī)構(gòu)，造成了人員一定程度的浪費(fèi)，不利于行政機(jī)關(guān)工作效率的提高。

3、公務(wù)員合法權(quán)益受到侵犯得不到行政復(fù)議的救濟(jì)《》沒(méi)有將內(nèi)部行政行為納入，公務(wù)員合法權(quán)益受到侵犯不能得到及時(shí)、有效的救濟(jì)。行政機(jī)關(guān)的行政行為按照其行使職權(quán)的范圍和與行政管理相對(duì)人之間的關(guān)系來(lái)分類，可以分為內(nèi)部行政行為和外部行政行為。內(nèi)部行政行為最大的特點(diǎn)是管理者與被管理者之間具有行政隸屬關(guān)系。《行政復(fù)議法》規(guī)定，行政機(jī)關(guān)工作人員對(duì)行政機(jī)關(guān)的獎(jiǎng)懲、任免等決定不服的，不能申請(qǐng)復(fù)議。在理論上和實(shí)踐中(甚至立法意圖上)此類行為并不局限于獎(jiǎng)懲、任免，而是將其擴(kuò)充到內(nèi)部行政行為實(shí)際上，保護(hù)公務(wù)員的合法權(quán)益與保護(hù)普通公民的合法權(quán)益一樣，兩者都應(yīng)該有充分的救濟(jì)途徑和救濟(jì)手段。雖然可以通過(guò)行政申訴來(lái)維護(hù)自己的合法權(quán)益，但申訴與行政復(fù)議制度的功能不可同日而語(yǔ)，后者的救濟(jì)更加有效。《行政復(fù)議法》將公務(wù)員合法權(quán)益的救濟(jì)排除于復(fù)議之外，這是我國(guó)行政復(fù)議制度的一大缺陷。

4、行政復(fù)議只能對(duì)部分發(fā)揮有限的監(jiān)督作用《行政復(fù)議法》只是將規(guī)章以下的抽象行政行為有限納入了行政復(fù)議范圍，對(duì)于規(guī)和規(guī)章，行政復(fù)議仍然不能發(fā)揮監(jiān)督作用。對(duì)抽象行政行為進(jìn)行復(fù)議監(jiān)督問(wèn)題，是法學(xué)界、實(shí)際部門以及社會(huì)公眾十分關(guān)注的問(wèn)題。從1990年起草《行政復(fù)議條例》時(shí)，就有人主張將抽象行政行為納入復(fù)議范圍，但由于當(dāng)時(shí)條件所限及認(rèn)識(shí)上的不統(tǒng)一等原因，最終未能如愿。在制定《行政復(fù)議法》時(shí)，抽象行政行為的復(fù)議監(jiān)督問(wèn)題再次被提上日程。在我國(guó)，對(duì)抽象行政行為的監(jiān)督是十分有限和薄弱的。從理論上說(shuō)，對(duì)抽象行政行為有下列監(jiān)督形式：人大和上級(jí)行政機(jī)關(guān)的監(jiān)督;備案審查的監(jiān)督;人民法院和行政復(fù)議機(jī)關(guān)審查具體行政行為時(shí)的間接監(jiān)督。但是，這些看似完備的監(jiān)督制度，實(shí)際上卻收效甚微。究其原因無(wú)外乎兩點(diǎn)：一是有權(quán)監(jiān)督的機(jī)關(guān)沒(méi)有真正實(shí)施監(jiān)督;二是沒(méi)有行政行為的利害關(guān)系人參加，缺少程序的發(fā)動(dòng)者和監(jiān)督的原動(dòng)力

5、臨時(shí)權(quán)利保護(hù)的法律規(guī)定流于形式在實(shí)踐中，復(fù)議期間具體行政行為不停止的規(guī)定流于形式，制度規(guī)定與實(shí)際運(yùn)行相脫節(jié)。《行政復(fù)議法》同原《行政復(fù)議條例》一樣，作了類似于《行政訴訟法》的規(guī)定：復(fù)議期間具體行政行為不停止執(zhí)行是原則，停止執(zhí)行是例外。但是，復(fù)議期間，甚至包括訴訟期間，具體行政行為停止執(zhí)行究竟是原則還是例外?根據(jù)傳統(tǒng)的行政法理論，行政行為具有公定力，即行政行為即使違法，在法律上仍然有效并且具有拘束有關(guān)人員的效力;因此，具體行政行為在復(fù)議和訴訟期間不停止執(zhí)行。但是，在執(zhí)法實(shí)踐中卻與此相反，停止執(zhí)行是原則，不停止執(zhí)行是例外。對(duì)復(fù)議期間具體行政行為不停止執(zhí)行是原則的規(guī)定，有學(xué)者從理論層面和操作層面進(jìn)行了分析，認(rèn)為該原則在理論上欠邏輯性、在操作上缺少可執(zhí)行性。事實(shí)上，在西方發(fā)達(dá)國(guó)家，如在美國(guó)和行政行為公定力理論盛行的德國(guó)，已經(jīng)開(kāi)始實(shí)行在行政復(fù)議和行政訴訟期間停止執(zhí)行行政行為為原則。因此，復(fù)議不停止執(zhí)行原則的規(guī)定應(yīng)該在今后的立法中加以修改。這樣，既可以突出對(duì)公民權(quán)利的保護(hù)，又可以避免制度規(guī)定與實(shí)際運(yùn)行的不一致。

6、律師代理行政復(fù)議缺少規(guī)定原《行政復(fù)議條例》沒(méi)有規(guī)定制度。《行政復(fù)議法》雖然規(guī)定了委托代理制度，但是對(duì)律師能否介入行政復(fù)議活動(dòng)并沒(méi)有明確規(guī)定，這就不能很好地發(fā)揮律師在行政復(fù)議中的積極作用。實(shí)際上，律師介入行政復(fù)議有著非常重要的作用：第一，有利于更好地維護(hù)公民、或者其他組織的合法權(quán)益，因?yàn)槁蓭熅ǚ桑碛斜纫话阄写砣烁鼜V泛的權(quán)利，如可以向有關(guān)單位調(diào)查取證。第二，有利于制約行政復(fù)議機(jī)關(guān)依法公正地進(jìn)行裁決，因?yàn)槁蓭煾朴诎l(fā)現(xiàn)行政機(jī)關(guān)具體行政行為的違法之處。因此，我國(guó)亟需對(duì)律師代理行政復(fù)議案件的規(guī)則作出規(guī)定。此外，我國(guó)行政復(fù)議制度也還存在其他一些問(wèn)題，如行政復(fù)議制度健康發(fā)展的社會(huì)環(huán)境尚不夠理想，對(duì)復(fù)議活動(dòng)本身的監(jiān)督機(jī)制尚沒(méi)有形成，少數(shù)終局復(fù)議制度仍然存在，等等。