首先，由醫患雙方自行協商達成協議，沒有特定的第三人參加。這種協商簡單明了，但容易造成矛盾激化，特別在雙方法律知識欠缺，協議書漏洞較多的情況下，往往達成協議后雙方再起爭端。

其次，衛生行政部門主持達成調解協議。這種辦法由當事人一方或者雙方向衛生行政機關提出申請，在行政機關的主持下，雙方達成協議。從目前情況看，這種辦法能及時平息事態，穩定雙方的情緒。

再者，當爭議進入訴訟程序后，可由人民法院主持雙方調解達成協議。該協議一經送達立即生效，具有強制執行力，并不得上訴。它的好處是法律效力高，規范性強。但醫患雙方要經歷較長的時間。

除上述三種法律規定的協商解決爭議方式外，還有兩種新型方式可以嘗試，即人民調解委員會的調解和律師參與或見證下的調解：

一、人民調解委員會的調解是指雙方當事人共同向調解委員會申請調解，由后者主持調解達成協議。這種調解程序規范，達成的協議如果沒有法定撤銷事由，就成為合法協議，并且不收取任何費用。但目前，調解委員會對調解醫療糾紛爭議肯定缺乏經驗，需大膽實踐。

《人民調解委員會組織條例》規定，人民調解委員會是調解民間糾紛的群眾性組織，它不但可以根據當事人的申請調解，也可以主動介入調解。按照最高人民法院的司法解釋，人民調解委員會達成的協議具有合同的性質，雙方當事人不得隨意變更和解除，而且只要協議符合合同的訂立原則，協議就是有效的，人民法院將予以確認。

二、律師參與或見證的醫療糾紛協議。這種辦法是指在一方或者雙方的律師參與的情況下，雙方協商達成協議。其好處是能夠制作較為規范的協議書，欠缺的是律師見證行為，不能使協議書具有很強的效力。

不管采取哪一種協商解決的辦法，簽訂合法有效的協議是必不可少的。筆者認為，糾紛協議實際上是一種合同行為，只要雙方當事人的約定不違反我國強行法的規定和公序良俗，所達成的協議就是有效的。那么，如何簽訂合法有效的協議?

首先，應嚴格奉行我國《合同法》的一般原則。簽訂過程最好經過公證程序。

其次，應做到“意思表示真實”。這就需要醫患雙方實事求是地對醫療行為進行認定，不妨先在協議書上各自列明觀點，然后再寫明雙方一致認同的事實。

第三，由于糾紛爭議發生后，雙方多處于對峙狀態。有些醫院會認為達成的協議是受到患方的脅迫。其實并非如此，我國《民法》規定，只有在自己或自己的近親屬受到脅迫時，才屬于脅迫。

第四，許多協議還規定“患者不得就此事以任何理由起訴”，是違反法律規定的做法。因為，當事人的起訴權是民事法規定的權利。所以，協議的內容不能違反法律規定和公共利益。否則，將導致糾紛協議無效。如果協議簽訂后，醫方擔心患方再次起訴，不妨約定“醫患雙方放棄基于該債權債務關系的一切訴訟權”，或約定“因該醫療糾紛引起的一切債權債務關系就此終了”。

協商解決醫療糾紛之前應該找個專業律師進行咨詢下，看看怎么樣對自己更有利。