弊端有如:一是被害人沒有管轄異議權(quán)，實體權(quán)利容易受損。例如，被告人搶劫了被害人的巨額財產(chǎn)并導(dǎo)致被害人重傷，在此情況下，應(yīng)由中級法院進(jìn)行管轄。假如此時基層法院進(jìn)行了管轄，則可能使被告人獲得比較低的量刑，那么對被害人來說是極為不公平的，被害人在這種情況下完全可以提出管轄權(quán)異議。二是犯罪嫌疑人和被告人沒有管轄異議權(quán)不能很好地息訴服判。雖然在立法上規(guī)定，刑事訴訟當(dāng)事人是作為刑事訴訟的主體參與到訴訟過程中來，但是在實踐中，由于無論是辦案人員還是一般民眾都容易對犯罪行為持一種仇視心態(tài)，本能地將犯罪嫌疑人、被告人作為被追究的對象來看待，認(rèn)為其就應(yīng)該老實坦白認(rèn)罪、接受懲罰。管轄權(quán)異議制度作為當(dāng)事人訴權(quán)的擴(kuò)張，很難有發(fā)展空間。但是對犯罪嫌疑人來說，對司法機(jī)關(guān)的管轄權(quán)提出異議，使司法機(jī)關(guān)對其的不當(dāng)追訴失去法律效力，排除司法機(jī)關(guān)不當(dāng)追訴的實際危害和潛在危險，是當(dāng)事人行使防御、辯護(hù)權(quán)的主要方式之一。更重要的是，賦予當(dāng)事人提出管轄權(quán)異議的權(quán)利，有助于當(dāng)事人息訴服判，接受法院的裁判。如果當(dāng)事人對法院的管轄權(quán)有異議而無救濟(jì)途徑，那么很有可能導(dǎo)致當(dāng)事人的上訴和申訴，反復(fù)地申請再審，從而變相地浪費(fèi)了司法資源。

我國目前的刑事訴訟法不賦予當(dāng)事人管轄異議權(quán)，是對當(dāng)事人訴權(quán)的不尊重，損害了當(dāng)事人的合法權(quán)益，有違程序公正的理念。之所以出現(xiàn)這個現(xiàn)象，無外乎以下幾個原因:首先，重打擊犯罪，輕保障人權(quán)。其次，重實體、輕程序的思想導(dǎo)致對當(dāng)事人訴權(quán)的保護(hù)意識不到位。沒有意識到建立管轄權(quán)異議制度的真正作用在于從程序上賦予當(dāng)事人積極的防御權(quán)，從而實現(xiàn)對公權(quán)力的制約，達(dá)到控辯平衡。

在刑事訴訟中，當(dāng)事人所享有的管轄權(quán)異議的權(quán)利應(yīng)為一項重要的救濟(jì)性程序權(quán)利，它是當(dāng)事人刑事訴訟訴權(quán)的體現(xiàn)，是獲得公平審判權(quán)利的重要保障，有助于法院裁判權(quán)的確定和實現(xiàn)，有助于當(dāng)事人訴訟權(quán)利的保護(hù)和訴訟地位的提高，也有助于當(dāng)事人對刑事訴訟的實際參與和對刑事程序施加自身的影響。

我國刑事訴訟法應(yīng)明確規(guī)定當(dāng)事人有權(quán)對偵查管轄異議提出申請。當(dāng)事人提出偵查管轄異議申請的，偵查機(jī)關(guān)應(yīng)當(dāng)用決定書認(rèn)可管轄權(quán)異議或依法決定移送案件，或用決定書駁回異議。對決定不服的，可以要求復(fù)議一次，意見不被接受的還可以向上一級偵查機(jī)關(guān)要求復(fù)核。但復(fù)議和復(fù)核期間，偵查機(jī)關(guān)不停止偵查活動的進(jìn)行。