審理行政附帶民事訴訟案件在適用法律和遵循的法律程序上具有雙重性，除適用行政訴訟法有關規定，遵循行政訴訟法的基本原則外，還要適用民事訴訟法，遵循民事訴訟法的基本原則。在二者發生法律沖突時，應當適用行政訴訟法的有關規定，對行政訴訟法沒有規定的，可以適用民事訴訟法的有關規定。具體而言，審理行政附帶民事訴訟案件應注意以下幾個問題：

在舉證責任的承擔上，民事訴訟部分的舉證責任實行“誰主張，誰舉證”，不受行政訴訟法中被告負主要舉證責任原則的約束，行政主體僅就其被訴具體行政行為的合法性承擔舉證責任。民事訴訟的第三人往往會與行政訴訟的被告在舉證內容上發生重合，甚至于第三人代替行政訴訟的被告就相關問題舉證，在此情形下，民事訴訟第三人出示的證據不得成為行政訴訟被告的證據，證明被訴具體行政行為的合法性，民事訴訟與行政訴訟的舉證責任不可發生轉移。但是行政訴訟被告提交的證據如與民事訴訟的第三人需要承擔舉證責任的內容發生重合或者有補充意義，則可以成為民事訴訟部分的證據。

在訴訟權利上，民事訴訟部分當事人之間可以調解、和解，被告有權提出反訴等，不受行政訴訟法相關規定的限制。

在審判組織上，應當適用同一審判組織。在目前行政訴訟法沒有修改，所有行政案件均由合議庭審理的情況下，行政附帶民事訴訟案件應組成合議庭，對行政部分與民事部分一并審理。

在行政訴訟的起訴期限與民事訴訟的訴訟時效沖突上，應當同時滿足兩種爭議對時限的規定，即行政訴訟未超過行政訴訟法規定的起訴期限，民事訴訟也未超過民事訴訟法規定的訴訟時效。對于行政訴訟已超過行政訴訟的起訴期限但民事訴訟未超過民事訴訟時效的，當事人可以單獨提起民事訴訟。反之亦然。

在審理期限上，行政附帶民事訴訟的行政訴訟部分必須在行政案件審理期限內審結，民事訴訟部分適用民事案件審理期限，均自各訴訟立案之日起計算。由于附帶訴訟本身是出于訴訟經濟的角度考慮作出的制度設計，故在審理期限上也應有所體現，即除非附帶的民事案件具有案件重大、復雜、疑難的情形，一般應與行政案件一并審結。

在判決時，一般應對行政訴訟和民事訴訟部分一并判決，制作一份判決書，特殊情況下也可以將民事部分分開審理，單獨判決或者調解結案。

在上訴時，如果當事人就行政部分和民事部分一并提出上訴，應當一并審理。如僅就判決書中的行政判決部分或者民事判決部分單獨提出上訴，應當視為其接受另一部分判決內容，沒有必要在二審中再行審理，相應的案件當事人可以退出案件訴訟。二審只需在裁判文書中對此予以交代即可。

在二審案件的審查中，有人主張對整個案件進行全面審查，發現另一部分有錯誤的，應通過審判監督程序予以糾正。筆者以為應當區別當事人放棄的部分是行政部分還是民事部分作不同處理。如果當事人放棄的是民事判決部分的上訴權，因民事判決對行政判決的結果沒有影響，且當事人放棄的民事權利是其可以自行處分的權利，故沒有必要對民事部分再行審查;如果當事人放棄的是行政判決部分，因行政判決對民事判決的正誤有直接影響，且由于行政行為本身屬于國家公權力的行使結果，對違法的行政行為應當運用公權力積極進行糾正，故二審可以對行政部分一并進行審查，即進行全面審查，如發現行政判決有誤，可以先中止二審民事案件的審理，啟動審判監督程序先行糾正該錯誤判決后，再行恢復審理二審的民事部分。