(1)公訴機關(guān)指控被告人侵犯商業(yè)秘密的舉證難。

這種舉證難主要表現(xiàn)在兩個方面：一方面表現(xiàn)為權(quán)利人的不配合。往往權(quán)利人對其擁有的商業(yè)秘密不愿提供作為證據(jù)，更不愿將技術(shù)信息送關(guān)相關(guān)部門進行鑒定，這就造成行為人侵犯商業(yè)秘密證據(jù)上存在問題。確實在侵犯商業(yè)秘密罪的訴訟中，不可避免地會有許多人介入并知悉商業(yè)秘密，如法官、公訴人、辯護人、鑒定人、書記員、法警等，如果這類人員擅自披露或者使用該商業(yè)秘密，同樣會形成商業(yè)秘密的第二次侵害。權(quán)利人的這種顧慮是可以理解的，可以規(guī)定上述人員的保密義務(wù)和失密責(zé)任，打消權(quán)利人的這種顧慮，并讓權(quán)利人知道只有通過打擊犯罪才能更全面有效地保護商業(yè)秘密。另一方面表現(xiàn)為公安機關(guān)調(diào)查取證難。商業(yè)秘密是一種未經(jīng)登記的依靠權(quán)利人通過保密方式予以保持的無形資產(chǎn)，具有秘密性、隱蔽性等特點。但是隨著電子網(wǎng)絡(luò)的飛快發(fā)展，行為人侵犯商業(yè)秘密行為的隱蔽性在不斷地增強，很多侵犯商業(yè)秘密的行為通過網(wǎng)絡(luò)傳輸，犯罪分子作案后一般都會將泄露的資料進行處理，由于電子證據(jù)通過網(wǎng)絡(luò)傳播的易滅失性和隱蔽性，給公安機關(guān)在取證和證據(jù)保全上帶來很大的問題。在民事訴訟中，最高人民法院為解決商業(yè)秘密舉證難問題，在《關(guān)于全國部分法院知識產(chǎn)權(quán)審判工作座談會紀(jì)要》中肯定了“舉證責(zé)任倒置”的原則，即決定由被告對獲取商業(yè)秘密途徑或者方式進行舉證，如果“被告不能提供或拒不提供其所使用的信息系合法獲得或使用”的證據(jù)，則可認(rèn)定被告有侵權(quán)行為。顯然，這種舉證責(zé)任倒置的推定方式不能適用于刑事訴訟。在刑事訴訟中，公安機關(guān)有“收集能夠證實犯罪嫌疑人有罪或者無罪，犯罪情節(jié)輕重的各種證據(jù)”的職責(zé)，如果公安機關(guān)無法收集被告人有罪的證據(jù)，根據(jù)我國現(xiàn)行刑法“無罪推定”的原則，不應(yīng)當(dāng)認(rèn)定被告人有罪和科以刑罰。權(quán)利人只能通過民事途徑要求行為人承擔(dān)侵權(quán)的民事責(zé)任。

(2)對行為人泄露的信息是否屬商業(yè)秘密的鑒定問題。

如果具備鑒定的條件的話，有關(guān)技術(shù)信息應(yīng)當(dāng)委托專業(yè)權(quán)威部門進行鑒定。因為在審查行為人泄露的技術(shù)信息是否屬商業(yè)秘密時，往往會涉及很復(fù)雜的技術(shù)問題，法官對這類專業(yè)技術(shù)又知之甚少，如何來認(rèn)定該專業(yè)技術(shù)屬商業(yè)秘密，僅憑法官的主觀推斷和簡單比較嗎?那是絕對不可以的。在這種情況下，專業(yè)權(quán)威的鑒定就顯得尤為重要。因為專業(yè)人員對專業(yè)技術(shù)的國內(nèi)外最新情況比較了解，其通過對資料檢索并進行對比分析后得出的結(jié)論，具有一定的科學(xué)性和客觀性。如果不進行權(quán)威鑒定，如何達(dá)到刑事案件“證據(jù)確實、充分”的要求?進行鑒定也并非意味著法官對鑒定結(jié)論必須全盤采信。法官是中立裁判者，據(jù)以定案的鑒定結(jié)論必須進行當(dāng)庭質(zhì)證并聽取雙方意見后，結(jié)合其他證據(jù)進行全面審查判斷后決定是否采信。