1、產權問題。企業兼并或企業產權交易是企業所有者的行為，國有企業的兼并或產權交易，是國有資產產權所有者或代表者的行為。國有企業現在名義上是法人，實際上只擁有經營權，企業的所有權是由政府有關部門掌握和行使的。這正是國有企業兼并必須經政府主管部門批準才能進行的原因。現行國有資產管理體制的主要問題是，政府的社會行政管理職能和國有資產所有權職能不分，國有資產所有權職能中的管理職能和資產經營職能不分;國有企業沒有獨立的法人財產，不是真正的法人實體。因此，企業要想真正進入兼并市場，迫切需要理順產權關系，明確企業產權主體。

2、勞動力問題。當前，我國企業兼并中被兼并企業的人員安置問題是最大的難題。這個難題的解決，無非是兩條路：一是由兼并企業吸收;二是由社會吸收。為實現兼并的績效，使市場化的企業兼并健康發展，人員安置問題主要應走社會消化的途徑，所以社會保障制度必須健全。另外，在理論上，它的根子還是涉及到勞動力是不是商品的問題。我們講的兼并是個全要素的市場，不僅是物的要素，也是人的要素市場。所以，必須解決勞動力是不是商品的問題。

3、資產評估與國有資產增值。在企業兼并過程中，資產評估也是個突出的問題。大體來說，主要包括：

(1)資產評估的核定標準問題;

(2)資產評估的過程，政府干預過多，未按市場規律進行核算、等價評估與買賣;

(3)債權債務不認真清理，銀行貸款得不到安全回收，兼并后留下許多后遺癥，引起糾紛。

4、兼并中的政府行為問題。企業兼并中所有的政府行為并非都是不必要的。問題是，目前兼并活動中政府的盲目干預行為，確實給企業兼并帶來了一些負效應。政府干預企業，在計劃體制下是司空見慣的。政府以財產所有者的身份，這樣或那樣地干預企業的日常經營活動，使企業很難擺脫作為政府機構的附屬物的地位，不能完全自主經營;似乎企業沒有“婆婆”管著，就無法邁步行走，而在層層“婆婆”的管制下，中國企業必然先天不足，長期不知市場為何物。這種“兼并”的弊端是很危險的。

5、隱性兼并中存在的問題。在市場經濟中，生產要素的流動與重組，使企業兼并出現了多種多樣的表現形式。許多小企業、小公司，尤其是私營小企業之間的兼并買賣行為，沒有任何法律依據，也未經任何主管部門批準，甚至不見諸于任何統計數字，從而形成了隱形兼并的市場。隱形兼并市場雖體現出一種企業間供需關系的迫切需求，但也的確存在著許多需要解決的問題，如企業隱形兼并的程序問題、合法性問題，等等。企業兼并是一項政策性很強、程序較復雜的工作，只有依法深人細致地操作，才能使其規范化。

6、不公平競爭問題。這個問題，隨著市場經濟體制的建立，將會越來越突出;兼并有追求壟斷市場的自發傾向。在中國企業兼并的實踐中，當然也會出現這樣的問題，特別是國有企業與其他所有制性質企業的不平等競爭;因此，也應考慮制定反壟斷法，使企業在大市場中按公平、公正、法制的原則開展競爭。

企業兼并中出現問題，要解決有疑問時應該要找專業律師幫助你。