交通肇事犯罪案件中，應認定為自首的情形：

1、肇事者在事發后沒有逃逸，保護現場，搶救傷者和財產，主動向公案機關報案或自動投案，并如實供述自己的罪行的，應依法認定為自首;

2、肇事者逃逸后在公案機關，偵查期限間，又主動到公案機關報案并如實供述自己罪行的，依法也應認定為自首。

認定上述情形為自首的理由如下：

一、交通肇事犯罪案中，對肇事者在事發后未逃逸，主動投案并如實供述的行為，不認定為自首情節缺乏法律依據，違反了《中華人民共和國刑法》第四條“對任何人犯罪，在適用法律上一律平等的規定的以事實為根據，法律準繩的訴訟原則。我國刑法的規定自首，適用于所有的在中華人民共和國領域內犯罪的犯罪以后自動投案，如實供述自己罪行的犯罪人對交通肇事案件中的犯罪人也應如此，并沒有不適用于交通肇事犯罪案件或者適用例外的特別規定。對符合自首條件的交通肇事犯罪人，不作為自首認定，侵犯了犯罪人依法應享有的權利，損害了法律的嚴肅性。因此，對符合自首條件的交通肇事的犯罪人依法認定為自首，是嚴格法律辦事，公正執法，正確適用法律的必然要求。

二、《道路交通事故處理辦法》是國務院頒發的行政法規，所規定的“肇事者必須報告公安機關”是對所有交通肇事者規定的應盡義務，但在交通肇事中，其中多數肇事者并不構成犯罪。《刑法》所規定的自首，是對所有的犯罪人從輕或減輕處罰的規定。交通肇事罪雖是交通肇事行為結果，但前者不一定是后者的必然。在交通肇中，不一定全部都可以構成犯罪，有些后果不嚴重的可以按一般交通事故處理。對不追究刑事責任的交通事故肇事者，應受《道路交通事故處理辦法》規定的應盡法定的告知義務的約束，這種義務并非刑法上規定的自首情節，對此，不認定為自首是恰當的。這種告知義務，是對一般交通事故而言。只要出現了交通事故，肇事者向公安機關報告以便及時得到處理，也是一種社會公德的體現。對不構成犯罪的交通肇事者，在事發后逃逸，拒不履行告知義務時，應按行政處罰程序予以處罰，不適用刑法的規定。交通肇事罪，本身是一種罪名，在刑法理論和刑法的規定中，就不存在告知義務，只存在自首情節，也只有自首情節，才是法定的從輕情節。因此，《道路交通事故處理辦法》所規定的告知義務，不能代替刑法上自首規定。不能將行政處罰程序和刑事訴訟程序兩者混淆，以行政法規的規定來否定對交通肇事案件中犯法人自首行為的認定和對《刑法》所規定的自首可以從輕或減輕處罰條件的適用。

三、正確認定交通肇事罪的犯罪人沒有逃逸，主動向公安機關報案或主動到公安機關投案自首情節，是正確適用法律的具體體現，也是對肇事者公正處罰的具體體現，防止剝奪犯罪人所享有的法定從輕或減輕處罰的權利。正確認定自首情節，符合刑法總則關于自首情節的規定，防止法官意志的隨意性，是以事實為根據，法律為準繩的具體體現。