逾期付款違約金，本質上屬于合同法第一百一十四條的遲延履行違約金。按照該條規定，買賣雙方在合同中已對逾期付款違約金進行約定的，原則上按照雙方約定計算。但是，該條同時還規定，如果約定違約金“低于”或者“過分高于”實際損失的，當事人可以請求予以增加或者減少。

于此同時，《高法關于審理買賣合同糾紛案件適用法律解釋》第二十四條對買賣合同沒有約定逾期付款違約金或者該違約金的計算方法的情況下，逾期付款違約金的計算方式進行了規定。

綜合以上可見，買賣合同中逾期付款違約金的計算可分兩種情況：

(一)買賣雙方在買賣合同中未對逾期付款違約金進行約定的，那么，按照該司法解釋的規定，如果出賣人主張逾期付款損失的，人民法院可以中國人民銀行同期同類人民幣貸款基準利率為基礎，參照逾期罰息利率標準計算。

那么逾期罰息利率如何計算的?按照《中國人民銀行關于人民幣貸款利率有關問題的通知》(銀發[2003]251號)之規定，逾期貸款(借款人未按合同約定日期還款的借款)罰息利率由現行按日萬分之二點一計收利息，改為在借款合同載明的貸款利率水平上加收30%-50%。該通知自2004年1月1日起施行。也就是說，出賣人可以貨款利率水平的130%-150%向買受人主張逾期付款違約金。

(二)買賣雙方在買賣合同中已對逾期付款違約金進行約定的。那么，首先將取決于約定違約金與實際損失孰大孰小，而后才能討論采取何種標準。關于實際損失的計算，這里要明確的是，實際損失應當是可預見的損失，即在合同訂立當時是可以預見的損失。

1、如果雙方約定的逾期付款違約金低于拖欠貨款的貸款利息損失，那么，出賣人可以請求法院提高逾期付款違約金至拖欠貨款的貸款利息損失。

2、如果雙方約定的逾期付款違約金過分高于拖欠貨款的貸款利息損失。在實踐中，也有維護自身權益意識較強的出賣方，與買方簽訂買賣合同時要求確定較高的將逾期付款違約金數額，如日千分之一、較高的固定數值等。根據《最高人民法院關于適用〈中華人民共和國合同法〉若干問題的解釋》(二)(法釋〔2009〕5號)第二十九條之規定，“當事人約定的違約金超過造成損失的百分之三十的，一般可以認定為合同法第一百一十四條第二款規定的‘過分高于造成的損失’。”在實踐中，遇到這類約定數額的，也存在不同的裁判結果。

有些法院認為，出賣方因買受人逾期付款所受損失，大致就是所拖欠貨款的銀行貸款利息，因此，法院支持出賣人以貨款利率水平上浮百分之三十向買受人主張逾期付款違約金。河南省高級人民法院(2010)豫法民二終字第69號中即采取此種標準。

也有法院認為，買賣雙方之間的法律關系類似借貸關系，而《最高人民法院關于審理借貸案件的若干意見》第六條中，民間借貸利率以銀行同類貸款四倍為限，故法院支持出賣人以貨款利率的四倍向買受人主張逾期付款違約金。浙江省湖州市中級人民法院(2009)浙湖商終字第143號、廣東省廣州市中級人民法院(2010)穗中法民二終字第896號中即采取此種標準。

3、如果雙方約定的逾期付款違約金相當于拖欠貨款的貸款利息損失的，在此種情況下，即按實際利息損失作為逾期付款違約金的計算標準。