由于相關法規及辦法對履約保證金的收取與管理沒有規定，具體操作時沒有統一標準，各地的操作方法都不一樣，一般的做法都是把保證金交給集中采購機構，但是交付的金額與時間，有效期，退還時間有些不同。有些地方把履約保證金作為合同生效的條件，在接到中標通知書后7天內，中標人應按合同規定向業主提交履約保證金或履約保函。在供需雙方和采購中心法定代表人或其授權代理人簽字并加蓋公章并且需方收到供方提交的履約保證金后合同生效。履約保證金金額有些地方是中標合同價的5%以內，有些地方是中標合同價的10%以內，施工履約保證金金額有些地方規定為中標價的2O%。

履約保證金退還的時間做法也有所不同，基本上不計利息退還。如采購的是貨物，有些地方是經采購人驗收合格之日起3個工作日內返還，不計利息，也有2O個工作日內返還的。有些地方規定貨物經采購人驗收合格交付之日后不計利息退還。工程履約保證金的有效期直至工程竣工驗收合格備案后的第2天，在此期間中標人出現按施工合同應對業主給付經濟賠償的情況時，業主有權從履約保證金中取得賠償金額;余額由業主在有效期屆滿后5天內按中國建設銀行同期貸款利率計息后本息全額退還給中標人。

不少采購機構在標書中注明投標人中標后投標保證金將自動轉為履約保證金，一旦投標保證金金額偏少時，轉入履約保證金階段還要補交。有些采購機構對詢價采購方式規定，經采購人特別要求，可以在詢價標段中明確成交供應商在簽訂合同時，須向采購人提交不高于成交額10%的履約保證金。采購人未作特別要求的，一般將詢價保證金自動轉為履約保證金，額度為成交額的l%，如不足可以要求補繳。對政府采購的定點企業，有些地方規定通過扣除履約保證金的制裁措施。有違規行為的，一經調查屬實，第一次通報批評，并扣履約保證金10%;第二次扣除履約保證金的50%;第三次扣全部履約保證金;第四次通報取消其定點資格，并在三年內不得參與政府采購的招標活動。

有些地方規定把履約保證金等同于定金。有些地方規定招標人不得擅自提高履約保證金，招標人不履行與中標人訂立的合同的，應當雙倍返還中標人的履約保證金;給中標人造成的損失超過返還的履約保證金的，還應當對超過部分予以賠償;沒有提交履約保證金的，應當對中標人的損失承擔賠償責任。政府采購中的履約保證金不屬于定金。不論供應商是否同意和自愿，采購主體與中標供應商簽訂合同發生爭議時援引定金罰則缺乏法律根據。