根據(jù)國家環(huán)境保護部的職責，環(huán)境保護部設(shè)14個內(nèi)設(shè)機構(gòu)：

(一)辦公廳。

負責文電、會務(wù)、機要、檔案等機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作;承擔信息、安全、保密、信訪、政務(wù)公開等工作。

(二)規(guī)劃財務(wù)司。

組織編制環(huán)境功能區(qū)劃、環(huán)境保護規(guī)劃;協(xié)調(diào)、審核環(huán)境保護專項規(guī)劃;承擔機關(guān)、直屬單位財務(wù)、國有資產(chǎn)管理、內(nèi)部審計工作。

(三)政策法規(guī)司。

擬訂環(huán)境保護政策;承擔涉及環(huán)境保護的其他政策的制定工作;起草法律法規(guī)草案和規(guī)章;承擔機關(guān)有關(guān)規(guī)范性文件的合法性審核工作;承擔機關(guān)行政復(fù)議、行政應(yīng)訴等工作。

(四)行政體制與人事司。

承擔機關(guān)和派出機構(gòu)、直屬單位的人事、機構(gòu)編制工作;承擔環(huán)境保護系統(tǒng)領(lǐng)導(dǎo)干部雙重管理的有關(guān)工作;承擔環(huán)境保護行政體制改革的有關(guān)工作。

(五)科技標準司。

承擔環(huán)境保護科技工作;承擔國家環(huán)境標準、環(huán)境基準和技術(shù)規(guī)范的擬訂工作;參與指導(dǎo)和推動循環(huán)經(jīng)濟與環(huán)保產(chǎn)業(yè)發(fā)展。

(六)污染物排放總量控制司。

擬訂主要污染物排放總量控制和排污許可證制度并組織實施;提出總量控制計劃;考核總量減排情況;承擔環(huán)境統(tǒng)計和污染源普查工作。

(七)環(huán)境影響評價司。

承擔規(guī)劃環(huán)境影響評價、政策環(huán)境影響評價、項目環(huán)境影響評價工作;監(jiān)督管理環(huán)境影響評價機構(gòu)資質(zhì)和相關(guān)職業(yè)資格;對超過污染物總量控制指標、生態(tài)破壞嚴重或者尚未完成生態(tài)恢復(fù)任務(wù)的地區(qū)，承擔暫停審批除污染減排和生態(tài)恢復(fù)項目外所有建設(shè)項目的環(huán)境影響評價文件的工作。

(八)環(huán)境監(jiān)測司。

組織開展環(huán)境監(jiān)測;調(diào)查評估全國環(huán)境質(zhì)量狀況并進行預(yù)測預(yù)警;承擔國家環(huán)境監(jiān)測網(wǎng)和全國環(huán)境信息網(wǎng)的有關(guān)工作。

(九)污染防治司。

擬訂和組織實施水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車的污染防治法規(guī)和規(guī)章;組織實施排污申報登記、跨省界河流斷面水質(zhì)考核等環(huán)境管理制度;組織擬訂有關(guān)污染防治規(guī)劃并對實施情況進行監(jiān)督。

(十)自然生態(tài)保護司(生物多樣性保護辦公室、國家生物安全管理辦公室)。

組織編制生態(tài)保護規(guī)劃;提出新建的各類國家級自然保護區(qū)審批建議，對國家級自然保護區(qū)的保護工作進行監(jiān)督;組織開展生物多樣性保護、生物遺傳資源、農(nóng)村生態(tài)環(huán)境保護工作;開展全國生態(tài)狀況評估;指導(dǎo)生態(tài)示范創(chuàng)建與生態(tài)農(nóng)業(yè)建設(shè);承擔國家生物安全管理辦公室的工作。