一、職能調(diào)整
　　按照國家醫(yī)藥管理體制改革的總體規(guī)劃，國家中醫(yī)藥管理局應(yīng)集中力量加強(qiáng)中醫(yī)藥科技研究和人才培養(yǎng)，指導(dǎo)和管理各類（包括個體）中醫(yī)醫(yī)療保健機(jī)構(gòu)，促進(jìn)中醫(yī)中藥結(jié)合與中西醫(yī)結(jié)合，提高中醫(yī)醫(yī)療保健質(zhì)量，振興中醫(yī)藥事業(yè)，推動中醫(yī)藥科學(xué)的國際傳播。
　　（一）劃出的職能。
　　１．將中藥生產(chǎn)的行業(yè)管理職能，交給國家經(jīng)濟(jì)貿(mào)易委員會。
　　２．將中藥監(jiān)督管理的職能，交給國家藥品監(jiān)督管理局。
　　（二）轉(zhuǎn)變的職能。
　　中醫(yī)醫(yī)院評審、教育質(zhì)量檢查、一般科技成果的鑒定與推廣等事務(wù)性工作，授權(quán)直屬單位或委托社會中介組織承辦。

　二、主要職責(zé)
　　根據(jù)以上職能調(diào)整，國家中醫(yī)藥管理局的主要職責(zé)是：
　　（一）依據(jù)國家衛(wèi)生、藥品的有關(guān)政策和法律法規(guī)，研究擬定中醫(yī)、中醫(yī)中藥結(jié)合、中西醫(yī)結(jié)合以及民族醫(yī)療醫(yī)藥的方針、政策和發(fā)展戰(zhàn)略；組織起草有關(guān)法律、法規(guī)并監(jiān)督執(zhí)行。
　　（二）根據(jù)各類衛(wèi)生技術(shù)準(zhǔn)則和中醫(yī)藥自身特點，擬定中醫(yī)醫(yī)療、保健、中藥、護(hù)理等有關(guān)人員的技術(shù)職務(wù)評定標(biāo)準(zhǔn)和醫(yī)療、保健、護(hù)理等人員執(zhí)業(yè)資格標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督實施；參加制訂國家基本藥物目錄和執(zhí)業(yè)中藥師資格標(biāo)準(zhǔn)。
　　（三）規(guī)劃、指導(dǎo)和協(xié)調(diào)中醫(yī)醫(yī)療、科研、教學(xué)機(jī)構(gòu)的結(jié)構(gòu)布局及其運行機(jī)制的改革；擬定各類中醫(yī)醫(yī)療、保健等機(jī)構(gòu)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督執(zhí)行。
　　（四）對中醫(yī)醫(yī)療、預(yù)防、保健、康復(fù)、護(hù)理及臨床用藥等進(jìn)行監(jiān)督和業(yè)務(wù)指導(dǎo)；依據(jù)有關(guān)規(guī)定在中醫(yī)行業(yè)推行醫(yī)藥人員執(zhí)業(yè)資格制度。
　　（五）研究和指導(dǎo)中西醫(yī)結(jié)合工作，擬定有關(guān)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)；監(jiān)督和協(xié)調(diào)管理中西醫(yī)結(jié)合的醫(yī)療、研究機(jī)構(gòu)。
　　（六）研究和指導(dǎo)藏醫(yī)、蒙醫(yī)、維醫(yī)等各民族醫(yī)療醫(yī)藥工作；組織各民族醫(yī)療醫(yī)藥的理論、醫(yī)術(shù)、藥物的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高；擬定和逐步完善相關(guān)的制度規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)；監(jiān)督和協(xié)調(diào)管理各民族醫(yī)療、醫(yī)藥機(jī)構(gòu)。
　　（七）擬定和組織實施中醫(yī)藥科學(xué)研究、技術(shù)開發(fā)規(guī)劃，加強(qiáng)重點實驗室建設(shè)；管理國家重大中醫(yī)藥科研項目，組織重大中醫(yī)藥科技成果的獎勵、推廣和保密工作。
　　（八）在國家教育方針指導(dǎo)下，組織擬定和實施中醫(yī)藥教育發(fā)展規(guī)劃，加強(qiáng)中醫(yī)藥人才培養(yǎng)，注重中醫(yī)藥師承教育；對中醫(yī)藥教育質(zhì)量進(jìn)行監(jiān)督和業(yè)務(wù)指導(dǎo)并在教育及實踐中提高人才素質(zhì)和專業(yè)水平。
　　（九）組織擬定中醫(yī)藥人員職業(yè)道德規(guī)范，倡導(dǎo)并監(jiān)督醫(yī)德醫(yī)風(fēng)建設(shè)，加強(qiáng)敬業(yè)愛崗宣傳，提高中醫(yī)行業(yè)人員思想道德素質(zhì)和醫(yī)療保健服務(wù)質(zhì)量。
　　（十）指導(dǎo)與協(xié)調(diào)中醫(yī)藥對外及香港特別行政區(qū)和澳門、臺灣地區(qū)的學(xué)術(shù)交流、人才培養(yǎng)和技術(shù)合作，推進(jìn)中醫(yī)藥科學(xué)的國際傳播。
　　（十一）按規(guī)定權(quán)限負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)及直屬單位的有關(guān)辦公事務(wù)、人事管理和黨群工作；聯(lián)系相關(guān)中醫(yī)藥社會團(tuán)體。
　　（十二）承辦國務(wù)院及衛(wèi)生部交辦的其他事項。

　三、內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)
　　根據(jù)上述職責(zé)，國家中醫(yī)藥管理局設(shè)５個職能司（室）：
　　（一）辦公室（財務(wù)司）
　　協(xié)助局領(lǐng)導(dǎo)組織協(xié)調(diào)機(jī)關(guān)日常政務(wù)和督促機(jī)關(guān)各部門的業(yè)務(wù)工作；負(fù)責(zé)會議、秘書、文電、檔案、保密、信訪等日常事務(wù)；承辦機(jī)關(guān)財務(wù)、保衛(wèi)、后勤等行政事宜；承辦國家扶持中醫(yī)專項資金的劃撥事宜；管理直屬單位財務(wù)、基建和國有資產(chǎn)等；聯(lián)系有關(guān)中醫(yī)藥社會團(tuán)體；承辦機(jī)關(guān)黨委的日常工作。
　　（二）人事與政策法規(guī)司（人事司）
　　根據(jù)國家衛(wèi)生、藥品的有關(guān)政策和法律法規(guī)，研究提出中醫(yī)行業(yè)（包括中醫(yī)中藥結(jié)合、中西醫(yī)結(jié)合、民族醫(yī)療醫(yī)藥）發(fā)展戰(zhàn)略和方針、政策，組織起草有關(guān)法律、法規(guī)并監(jiān)督實施；根據(jù)各類衛(wèi)生技術(shù)準(zhǔn)則，結(jié)合中醫(yī)藥科學(xué)自身特點，擬定與完善中醫(yī)醫(yī)療、保健、中藥、護(hù)理等有關(guān)人員的技術(shù)職務(wù)評定標(biāo)準(zhǔn)和醫(yī)療、保健、護(hù)理等人員執(zhí)業(yè)資格標(biāo)準(zhǔn)并監(jiān)督實施，參與制訂執(zhí)業(yè)中藥師資格標(biāo)準(zhǔn)；規(guī)劃并指導(dǎo)和協(xié)調(diào)中醫(yī)醫(yī)療、科研、教學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、民族醫(yī)療醫(yī)藥機(jī)構(gòu)的結(jié)合布局及擬定管理規(guī)范；組織中醫(yī)藥重大理論或?qū)嶋H問題的調(diào)查研究和信息服務(wù)；承辦有關(guān)改革、醫(yī)德醫(yī)風(fēng)建設(shè)等宣傳工作。
　　按干部管理權(quán)限負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)及直屬單位的人事、勞動工資、機(jī)構(gòu)編制的管理工作和離退休干部服務(wù)工作。
　　（三）醫(yī)政司
　　研究并組織實施在國家醫(yī)療保障制度改革、區(qū)域衛(wèi)生規(guī)劃、社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)、農(nóng)村合作醫(yī)療等總體部署中中醫(yī)行業(yè)應(yīng)該承擔(dān)的任務(wù)；擬定中醫(yī)藥防治重大疾病規(guī)劃，參加制訂國家基本藥物目錄；組織擬定和實施中醫(yī)醫(yī)療、預(yù)防、保健、康復(fù)、護(hù)理及臨床用藥等的管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)；監(jiān)督管理各類中醫(yī)、中西醫(yī)結(jié)合、民族醫(yī)療機(jī)構(gòu)，對其他醫(yī)療機(jī)構(gòu)的中醫(yī)業(yè)務(wù)進(jìn)行指導(dǎo)，推行醫(yī)藥人員執(zhí)業(yè)資格制度；研究和指導(dǎo)藏、蒙、維等各民族醫(yī)療醫(yī)藥工作，組織各民族醫(yī)療醫(yī)藥的理論、醫(yī)術(shù)、藥物的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高，擬定和逐步完善相應(yīng)的規(guī)范和標(biāo)準(zhǔn)；監(jiān)督管理按照中醫(yī)理論研制的藥膳及保健品。
　　（四）科技教育司
　　擬定并組織實施中醫(yī)藥科學(xué)研究、技術(shù)開發(fā)規(guī)劃和中醫(yī)中藥結(jié)合、中西醫(yī)結(jié)合研究方向及措施辦法；指導(dǎo)與協(xié)調(diào)中醫(yī)（藥）科研機(jī)構(gòu)和重點實驗室的建設(shè)；充分利用現(xiàn)代科學(xué)和先進(jìn)技術(shù)，組織中醫(yī)（藥）重大科研課題的協(xié)作攻關(guān)、重要中藥研制及科技成果的鑒定、獎勵與推廣；開展中醫(yī)（藥）學(xué)術(shù)交流與科技合作。
　　組織擬定和實施中醫(yī)藥人才高等教育、職業(yè)技術(shù)教育、成人教育、師承教育等的發(fā)展規(guī)劃，監(jiān)督教育質(zhì)量，監(jiān)督指導(dǎo)中醫(yī)藥專業(yè)技術(shù)人員的水平考試。
　　（五）國際合作司
　　規(guī)劃、指導(dǎo)中醫(yī)藥對外及香港特別行政區(qū)和澳門、臺灣地區(qū)的學(xué)術(shù)交流、人才培養(yǎng)，配合有關(guān)部門實施國際中醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)、技術(shù)合作，推動中醫(yī)藥科學(xué)的國際傳播；研究與組織中醫(yī)藥與各國傳統(tǒng)醫(yī)藥的合作交流；承辦局機(jī)關(guān)的外事工作。
　　機(jī)關(guān)黨委。負(fù)責(zé)局機(jī)關(guān)和直屬單位的黨群工作，辦事機(jī)構(gòu)設(shè)在辦公室。

　四、人員編制
　　國家中醫(yī)藥管理局機(jī)關(guān)行政編制為７１名。其中：局長１名，副局長３名，正副司長職數(shù)１８名（含機(jī)關(guān)黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機(jī)構(gòu)、后勤服務(wù)機(jī)構(gòu)及編制，按有關(guān)規(guī)定另行核定。