一、職能調整
　　（一）劃出的職能。
　　制定環境保護產業政策和發展規劃的職能交給國家經濟貿易委員會，國家環境保護總局參與有關工作。
　　（二）劃入的職能。
　　原國務院環境保護委員會的職能、原國家科學技術委員會承擔的核安全監督管理職能、管理和組織協調環境保護國際條約國內履約活動及統一對外聯系、機動車污染防治監督管理、農村生態環境保護、生物技術環境安全職能。
　　（三）交給直屬事業單位的職能。
　　自然資源核算工作、環境保護科技成果登記和項目推廣、環境標志認證以及其他有關的資質認證技術性工作、環境保護產品認定技術檢驗、環境信息監測技術性和事務性等工作。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，國家環境保護總局的主要職責是：
　　（一）擬定國家環境保護的方針、政策和法規，制定行政規章；受國務院委托對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價；擬定國家環境保護規劃；組織擬定和監督實施國家確定的重點區域、重點流域污染防治規劃和生態保護規劃；組織編制環境功能區劃。
　　（二）擬定并組織實施大氣、水體、土壤、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車等的污染防治法規和規章；指導、協調和監督海洋環境保護工作。
　　（三）監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區、森林公園環境保護工作；監督檢查生物多樣性保護、野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作；向國務院提出新建的各類國家級自然保護區審批建議；監督管理國家級自然保護區。
　　（四）指導和協調解決各地方、各部門以及跨地區、跨流域的重大環境問題；調查處理重大環境污染事故和生態破壞事件；協調省際環境污染糾紛；組織和協調國家重點流域水污染防治工作；負責環境監理和環境保護行政稽查；組織開展全國環境保護執法檢查活動。
　　（五）制定國家環境質量標準和污染物排放標準并按國家規定的程序發布；負責地方環境保護標準備案工作；審核城市總體規劃中的環境保護內容；組織編報國家環境質量報告書；發布國家環境狀況公報；定期發布重點城市和流域環境質量狀況；參與編制國家可持續發展綱要。
　　（六）制定和組織實施各項環境管理制度；按國家規定審定開發建設活動環境影響報告書；指導城鄉環境綜合整治；負責農村生態環境保護；指導全國生態示范區建設和生態農業建設。
　　（七）組織環境保護科技發展、重大科學研究和技術示范工程；管理全國環境管理體系和環境標志認證；建立和組織實施環境保護資質認可制度；指導和推動環境保護產業發展。
　　（八）負責環境監測、統計、信息工作；制定環境監測制度和規范；組織建設和管理國家環境監測網和全國環境信息網；組織對全國環境質量監測和污染源監督性監測；組織、指導和協調環境保護宣傳教育和新聞出版工作；推動公眾和非政府組織參與環境保護。
　　（九）擬定國家關于全球環境問題基本原則；管理環境保護國際合作交流；參與協調重要環境保護國際活動；參加環境保護國際條約談判；管理和組織協調環境保護國際條約國內履約活動，統一對外聯系；管理環境保護系統對外經濟合作；協調與履約有關的利用外資項目；受國務院委托處理涉外環境保護事務；負責與環境保護國際組織聯系工作。
　　（十）負責核安全、輻射環境、放射性廢物管理工作，擬定有關方針、政策、法規和標準；參與核事故、輻射環境事故應急工作；對核設施安全和電磁輻射、核技術應用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治工作實行統一監督管理；對核材料的管制和核承壓設備實施安全監督。
　　（十一）負責總局機構編制和人事管理；組織開展全國環境保護系統行政管理體制改革。
　　（十二）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國家環境保護總局設１０個職能司（廳）：
　　（一）辦公廳（宣傳教育司）
　　協助總局領導組織協調機關工作；承擔文電、保密等機關工作；負責信訪和公眾舉報工作；負責重大環境污染事故和省際環境污染糾紛情況通報、聯絡工作；擬定和組織實施環境保護宣傳教育和新聞出版規劃；推動公眾和非政府組織參與環境保護；承辦環境保護社會表彰和國際環境獎推選工作。
　　（二）規劃與財務司
　　擬定國家環境保護規劃；負責環境保護統計和信息工作，制定有關制度和規范；管理環境信息網絡；審核城市總體規劃中的環境保護內容；擬定并組織實施全國污染物排放總量控制計劃和中國跨世紀綠色工程規劃；承辦國家補助的環境保護系統項目審核工作；組織編制國家環境狀況公報；組織發布重點城市和流域環境質量狀況；參與編制國家可持續發展綱要。
　　（三）政策法規司
　　擬定國家環境保護政策和法規，制定行政規章；承擔重大經濟和技術政策、發展規劃和重大經濟開發計劃環境影響評價工作；組織環境保護行政處罰、行政復議和應訴工作；組織開展對各地方、各部門貫徹執行國家環境保護法律法規的執法檢查。
　　（四）行政體制與人事司
　　承擔總局機構編制和人事管理工作；組織全國環境保護行政表彰；指導環境保護系統行政管理體制改革和規范化建設。
　　（五）科技標準司
　　組織協調環境保護科學研究和技術引進；組織環境保護重大科技攻關和技術示范工程；管理環境保護科技成果；制定環境保護行業標準；承辦地方環境保護標準備案工作；管理全國環境管理體系和環境標志認證；建立和組織實施環境保護資質認可制度；指導和推動環境保護產業發展。
　　（六）污染控制司
　　擬定和組織實施大氣、水體、噪聲、固體廢物、有毒化學品以及機動車的污染防治法規和規章；組織實施排污申報登記、排污許可證、污染源限期治理和達標排放、危險廢物經營許可、有毒化學品進出口登記、行政代執行等環境管理制度；組織編制環境功能區劃；組織擬定和監督實施國家重點流域、重大區域污染防治規劃；承辦可用作原料的廢物進出口許可工作。
　　（七）自然生態保護司
　　組織擬定和監督實施自然生態保護法規和規章；組織擬定生物多樣性保護計劃；組織編制全國自然保護區規劃；提出新建的各類國家級自然保護區審批建議；監督管理國家級自然保護區；監督自然資源開發活動中的環境保護；指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治、濕地環境保護、荒漠化防治工作；監督管理海岸工程、陸源污染、拆船等海洋環境污染防治工作；管理生物技術環境安全；負責農村生態環境保護；指導全國生態示范區建設和生態農業建設。
　　（八）核安全與輻射環境管理司（國家核安全局）
　　承擔核安全、輻射環境、放射性廢物管理工作，擬定有關方針、政策和法規；參與核事故、輻射環境事故應急工作；對核設施安全和電磁輻射、核技術應用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治實行統一監督管理；對核材料的管制和核承壓設備實施安全監督；承擔有關國際公約和雙邊合作協定實施工作。
　　（九）監督管理司
　　擬定和組織實施開發建設活動環境影響評價、“三同時“、排污收費等各項環境管理制度政策法規和規章；管理環境監測和環境監測網；指導和協調解決各地方、各部門以及跨地區、跨流域的重大環境問題；調查處理重大環境污染事故和生態破壞事件；指導城鄉環境綜合整治。
　　（十）國際合作司
　　參與協調環境保護國際活動；參加環境保護國際條約談判；管理并組織協調環境保護國際條約國內履約活動和對外聯系；管理環境保護系統對外經濟合作；承辦涉外環境污染處理工作和涉外環境保護事務；指導駐聯合國環境規劃署代表處業務工作；承擔與環境保護國際組織聯系事務；承擔中國環境與發展國際合作委員會日常事務。
　　機關黨委。負責總局機關及在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　國家環境保護總局機關行政編制為２００名。其中：局長１名，副局長４名，司局級領導職數３１名（含機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。