一、職能轉變
　　鐵道部目前兼負政府和企業雙重職能，擔負全國鐵路行業管理和國家鐵路（以下簡稱國鐵）的部門管理、部分社會事務管理及全路性運輸企業管理等多項職能。這次機構改革，根據建立社會主義市場經濟體制目標的要求，結合鐵路行業的實際情況，轉變職能的重點是，強化行業管理、部門綜合管理和全路性運輸指揮的職能，弱化部門微觀管理、社會事務管理和企業經營管理的職能。主要內容是：
　　強化國鐵的發展戰略、規劃、方針、政策、法規、標準等宏觀管理和信息服務工作，并加強對其他鐵路的行業管理，將地方鐵路建設補助計劃納入部的管理職能，使國鐵、地方鐵路、合資鐵路、專用鐵路和鐵路專用線協調發展。
　　調整部門管理職能，對部屬單位主要行使確保國有資產所有權的有關職責，如監督、考核國有資產保值增值，提出、審核部屬單位的設立、調整，審批重要國有資產的報廢、出租、抵押、轉讓，任免部屬單位領導干部等。其他的部門管理職能要逐步縮減。
　　凡屬《鐵路企業轉換經營機制實施辦法》規定的企業權限，要切實下放給鐵路和其他部屬企業。對全路性的運輸指揮管理和貨車的統一管理、部管更新改造費用的使用、運輸收入和貨車修理費用統一清算等企業管理職能，目前仍需集中管理，繼續保留在部機關，管住管好。
　　將計劃生育、環境衛生、綠化護林等職能逐步轉移給地方政府。將現有的工程設計鑒定初審、工程項目監理、國有資產評估、規范標準撰擬、業務咨詢服務等轉移給有關事業單位和學會、協會承擔。

　二、主要職責
　　鐵道部是國務院主管全國鐵路工作的職能部門，主要職責是：
　　（一）研究制訂全國鐵路行業的發展戰略、方針、政策、法規和國鐵管理體制及布局方案，制定國鐵統一的規章制度并監督執行。
　　（二）制訂全國鐵路行業的中長期發展規劃，編制國鐵的各項年度計劃并組織實施。組織編制合資鐵路建設計劃，指導、協調地方鐵路建設計劃，編制補助地方鐵路建設計劃。綜合管理鐵路統計、信息工作。
　　（三）參與國家經濟布局、資源開發、地區開發和重點經濟建設的研究，提出合理布局、合理運輸和交通體系配置等建議。
　　（四）負責鐵路工程建設的行業管理，管理鐵路大中型基本建設和國鐵路網性更新改造項目的立項、設計審批和組織竣工驗收工作。
　　（五）制訂全國鐵路行業科技發展規劃和技術政策，制定鐵路技術管理規程、規范、標準。組織新技術、新產品的研究和成果鑒定，組織引進、消化、吸收國內外先進技術，推動技術進步。綜合管理國鐵的節能工作。
　　（六）研究提出國鐵客貨運價方案，經批準后組織實施。管理部管工業產品價格，參與國家有關部門制訂鐵路價格、稅收、信貸等經濟調節政策的工作。貫徹國家經濟體制改革的方針政策，推動國鐵企業深化改革。
　　（七）監督管理國鐵的國有資產和財會制度，統籌安排全路建設資金及各項專用資金，編制國鐵事業經費預算。集中組織國鐵清算運輸收入、貨車修理費用和國際聯運收支。統納國鐵運營稅金。
　　（八）統一組織、指揮國鐵運輸（含地方鐵路和其他鐵路運輸進入國鐵線網的行業組織、指揮工作），協調路內外關系，充分發揮運輸效能。檢查監督部屬單位安全生產和路風建設。貫徹執行國務院、中央軍委交通戰備的部署，組織管理國鐵戰備工作。
　　（九）根據干部管理權限，管理部屬單位的主要領導干部和部機關干部，綜合管理國鐵的人事工作，組織高層次的人才培訓。
　　（十）制訂國鐵教育事業發展規劃，綜合管理鐵路高等院校，指導國鐵的職工教育和中等技術教育工作。
　　（十一）綜合管理國鐵的機構編制、勞動工資、社會保險、勞動保護、環境保護和衛生防疫工作。指導國鐵職工生活保障工作。
　　（十二）管理鐵路外事工作，綜合管理國鐵對外經濟和科技合作交流工作。管理國際、廣九鐵路聯運。
　　（十三）會同公安部管理鐵路治安保衛工作，組織管理專運、特運的警衛工作。
　　（十四）負責國鐵系統黨的建設和思想政治工作，搞好精神文明建設。
　　（十五）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，鐵道部設１７個職能司局和４個政治工作機構。
　　（一）辦公廳（政治部辦公室）
　　負責部的文秘、信息、保密、信訪、值班、會務、新聞發布、機關行政事務管理工作，歸口管理檔案工作，組織草擬部和部黨組、政治部的文件、報告，協助部黨政領導綜合協調、督促檢查部的黨務、政務工作。
　　（二）政策法規司
　　制訂鐵路綜合性的經濟政策，組織制訂鐵路行業法規，研究并組織實施鐵路經濟體制改革工作；依法辦理行政復議工作。
　　（三）計劃司
　　編制鐵路中長期發展規劃，編制國鐵年度運輸、生產、建設、更新改造等計劃，綜合平衡年度財務、物資、勞資和科技發展等計劃；辦理大中型建設項目立項工作；負責鐵路工業管理工作和鐵路工業產品價格工作；綜合管理國鐵戰備、節能、環境保護和鐵路統計工作。
　　（四）財務司
　　制訂國鐵財務會計制度，編制財務、成本等計劃，監督管理國鐵國有資產，制定國鐵運輸收入清算規章，統納運營稅金；綜合管理鐵路建設基金、各項專用基金和鐵路價格規劃、協調工作；組織財會監督，指導經濟核算。
　　（五）科學技術司
　　編制鐵路科技發展規劃和計劃，制訂技術政策、規程、規范、標準和機車車輛廠修規程，組織重大科研項目攻關、智力引進、科技合作交流和新產品、新成果的鑒定工作，協調引進技術的消化、吸收和國產化工作；頒布生產許可證，指導全面質量管理工作。
　　（六）建設司
　　制訂鐵路工程建設的規章、規范、標準，管理鐵路建設、設計、施工和監理單位的資質審查，參與大中型建設項目的立項工作，協調、監督鐵路大中型項目的建設，組織工程監理和竣工驗收工作。
　　（七）對外合作司（港澳臺辦公室）
　　統一管理鐵路外事工作，綜合管理鐵路外經工作，會同運輸部門管理國際間鐵路和廣九鐵路聯運工作。
　　（八）人事司（政治部干部部）
　　管理部屬單位領導干部和部機關干部，綜合管理國鐵干部工作，督促檢查貫徹落實黨的干部路線和干部政策的情況；組織高層次的人才培訓。
　　（九）教育衛生司
　　編制國鐵教育事業發展規劃和年度計劃，管理部屬普通和成人高等院校，指導國鐵中專、技工學校和職工教育工作；綜合管理鐵路衛生防疫工作。
　　（十）勞動工資司
　　編制國鐵勞動工資規劃和計劃，綜合管理勞動工資、機構編制、社會保險、勞動保護、勞動安全、鍋爐壓力容器設備安全工作；指導職工生活保障工作。
　　（十一）運輸局
　　制訂鐵路客貨運輸、行車組織和運營設備管理法規、制度，制訂國鐵客貨運價方案并組織實施，編制運輸計劃、列車運行圖及技術計劃，協調鐵路運輸中的路內外關系，統一調度指揮全路運輸生產，組織完成國家運輸計劃；監督檢查客貨運營服務質量，綜合管理路風工作。
　　（十二）機務局
　　制訂鐵路機務設備管理法規、制度，根據計劃負責國鐵機車的購置，管理機車配屬、驗收、報廢工作，指導機車的運用、檢修工作，綜合管理機車燃料和路用煤、水、電力工作。
　　（十三）車輛局
　　制訂鐵路車輛設備管理法規、制度，根據計劃負責國鐵車輛的購置，管理車輛的驗收、報廢及客車、特種車的配屬工作，管理貨車和跨局客車列檢布局，統一清算貨車修理費用，指導車輛的運用、檢修工作。
　　（十四）工務局
　　制訂鐵路工務設備管理法規、制度，指導工務設備的養護維修工作，管理國鐵舊軌舊梁的調撥、報廢工作；綜合管理國鐵土地、房建、林業、采石、防洪、抗震工作。
　　（十五）電務局
　　制訂鐵路電務設備管理法規、制度，指導電務設備的養護維修工作，組織管理干線通信的運用調度工作，歸口管理鐵路無線、機要通信業務。
　　（十六）安全監察司
　　制訂鐵路行車安全（包括防火防爆和路外人身安全）法規、制度并進行監督檢查，組織部管重大行車事故的調查處理。
　　（十七）公安局（公安局＋局）
　　管理鐵路治安保衛工作，組織管理專運、特運的安全警衛工作；負責部機關的安全保衛工作。
　　（十八）政治部（含組織部、宣傳部、辦公室、干部部，其中辦公室與部辦公廳、干部部與部人事司均為兩個機構一塊牌子）。
　　（十九）紀律檢查委員會。
　　（二十）機關黨委。
　　（二十一）全國鐵道團委。

　四、人員編制和領導職數
　　鐵道部機關行政編制為８００名。其中，部長１名，副部長４名，政治部主任１名（副部級），紀律檢查委員會書記１名（副部級）；司局級領導職數７１名（含總工程師、副總工程師、總調度長、副總調度長、總經濟師各１名，政工機構司局級領導職數１１名）。
　　監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。