一、職能調整
　　（一）劃出的職能。
　　１．將指導和管理社會審計的職能劃歸財政部。
　　２．減少統一部署的審計項目，地方審計項目由地方審計機關根據省級人民政府的要求自行安排。
　　（二）新增的職能
　　１．依據《中華人民共和國審計法》、《中華人民共和國預算法》的規定，審計監督中央預算執行情況和其他財政收支。
　　２．根據《中華人民共和國中國人民銀行法》、《中華人民共和國商業銀行法》的規定，審計監督中央銀行財務收支以及國有金融機構的資產、負債和損益狀況。
　　３．組織對黨政領導干部的任期經濟責任審計。
　　４．審計監督社會保障資金和環境保護資金。
　　（三）轉變的職能。
　　將審計署派駐部分國務院行政部門及其直屬事業單位的審計機構調整為派出審計機構，其人、財、物由審計署直接管理，被審計單位負責提供必要的辦公條件。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，審計署的主要職責是：
　　（一）擬定審計方針政策，參與制定審計、財經方面的法律法規；制定審計規章制度并監督執行情況；辦理地方性審計法規和規章的備案審查；組織領導、協調監督各級審計機關的業務。
　　（二）向國務院報告和向國務院有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策法規、宏觀調控措施的建議。
　　（三）依據《中華人民共和國審計法》的規定，直接進行下列審計：
　　１．中央財政預算執行情況和其他財政收支。
　　２．中央各部門、事業單位及下屬單位的財務收支。
　　３．省級人民政府預算的執行情況和決算。
　　４．中央銀行的財務收支和中央金融機構的資產、負債和損益狀況。
　　５．國務院部門管理的和受國務院委托由社會團體管理的社會保險基金、環境保護資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
　　６．國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。
　　７．其他法律法規規定應由審計署進行的審計。
　　（四）向國務院總理提交中央預算執行情況的審計結果報告；受國務院委托向全國人大常委會提出中央預算執行情況和其他財政收支審計工作報告。
　　（五）組織實施對貫徹執行國家財經方針政策和宏觀調控措施情況的行業審計、專項審計和審計調查；組織地方審計機關對黨政領導干部進行任期經濟責任審計；依法受理被審計單位對審計機關審計決定的復議申請。
　　（六）與省級人民政府共同領導省級審計機關，協同辦理省級審計機關負責人的任免事項；管理派駐地方的審計特派員辦事處。
　　（七）根據有關法律法規和國務院規定，配合稽察特派員對國有重點大型企業和國家重點建設項目進行審計監督；組織對其他國有企業和國家建設項目的審計監督。
　　（八）組織實施對內部審計的指導與監督；監督社會審計組織的審計業務質量；組織審計專業培訓。
　　（九）組織開展審計領域的國際交流活動。
　　（十）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，審計署設１２個職能司（廳）：
　　（一）辦公廳
　　處理署機關日常政務，負責有關重要會議的組織和有關報告、文件以及審計機關管理制度的起草；編制審計工作規劃，安排年度審計項目；劃分署機關、派出審計機構和派駐地方審計特派員辦事處的審計范圍；管理宣傳、信息、新聞發布和機關文電處理、保密、信訪、檔案管理、行政后勤、保衛等項事務；管理審計事業經費，對署所屬單位的財務收支進行審計監督；聯系派出審計機構、駐地方審計特派員辦事處和特約審計員；承擔審計署舉報中心的工作。
　　（二）法制司
　　負責審計法律、法規、規章的草擬及修改和報批，辦理有關的協調工作；研究財政經濟方面的法律法規和政策，提出有關建議；組織對地方審計機關和社會審計組織審計業務質量的監督檢查；辦理地方性審計法規、規章的備案審查；審核與復核署機關和派出審計機構的審計報告、審計意見書和審計決定；受理審計行政復議和應訴；組織實施審計普法教育；指導地方審計機關的法制工作。
　　（三）財政審計司
　　擬定中央預算執行情況的審計總體方案，匯總審計結果；負責審計中央預算執行情況、國務院稅務局系統稅收征管情況、海關關稅和進出口環節稅征管情況、中央國庫辦理中央預算資金的收納撥付情況、省級人民政府預算執行情況和決算；負責審計財政部、國家稅務總局、海關總署等部門及其在京下屬單位和中國經濟開發信托投資公司、中國注冊會計師協會的財務收支狀況；開展專項審計調查；指導地方財政審計業務。
　　（四）金融審計司
　　負責審計中國人民銀行、國家外匯管理局（含分支機構）及其在京下屬單位、中國證券監督管理委員會及其所屬證券交易所的財務收支；負責審計國家政策性銀行、國有商業銀行、國有保險公司、中國國際信托投資公司、中國光大（集團）總公司及其分支機構和其他中央國有金融機構的資產、負債和損益狀況；開展專項審計和審計調查；指導地方金融審計業務。
　　（五）行政事業審計司
　　負責審計與中央財政有撥繳款關系的全國人大機關、全國政協機關、最高法院機關、最高檢察院機關和武警、政黨組織、社會團體和財政財務收支；負責審計國務院有關部門和直屬事業單位及其在京下屬單位的財務收支；組織地方審計機關對黨政領導干部的任期經濟責任審計；開展專項審計和審計調查；指導地方行政事業審計業務。
　　（六）經貿審計司
　　負責審計國務院有關部門及其在京下屬單位的財務收支；根據有關法律法規和國務院規定，配合稽察特派員對國有重點大型企業進行審計監督，組織對其他國有企業的審計監督；組織對內部審計的指導和監督；開展專項審計和審計調查；指導地方經貿審計業務。
　　（七）農業與資源環保審計司
　　負責審計國務院有關部門及其在京下屬單位的財務收支；負責審計由國務院主管部門管理和受國務院委托由社會團體管理的農林水利、資源環保資金的籌集、管理、使用情況；負責審計省級人民政府管理的農林水利、資源環保資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查；指導地方農業與資源環保審計業務。
　　（八）社會保障審計司
　　負責審計國務院有關部門及其在京下屬單位的財務收支；負責審計由國務院主管部門管理和受國務院委托由社會團體管理的養老、醫療、工傷、失業等社會保險基金的財務收支以及各項社會福利、救災救濟、扶貧開發、優撫安置和社會捐贈資金的管理使用情況；負責審計省級人民政府管理的社會保障資金的籌集、管理、使用情況；開展專項審計和審計調查；指導地方社會保障審計業務。
　　（九）固定資產投資審計司
　　根據有關法律法規和國務院規定，配合稽察特派員對國家重點建設項目的預概算執行和決算進行審計監督，組織對其他國家建設項目的審計監督；負責審計國家投資公司的財務收支，組織對國有施工企業的審計監督；開展專項審計和審計調查；指導地方固定資產投資審計業務。
　　（十）外資運用審計司
　　審計國際組織和外國政府貸款、援助和贈款項目的財務收支；提供世界銀行和亞洲開發銀行援助、貸款項目的審計公證報告；開展專項審計和審計調查；指導地方外資運用審計業務。
　　（十一）外事司
　　辦理署機關及直屬單位人員出國的有關事項，接待國外來訪團組，聯系外國審計機關和國際審計組織；管理對外審計合作項目；組織聯系對境外機構、企業和投資項目的審計業務。
　　（十二）人事教育司
　　負責辦理署機關、派出審計機構、駐地方審計特派員辦事處、在京直屬事業單位的機構編制及其人員管理、工資福利、專業技術職稱考評；協助地方管理省級審計機關負責人；組織和指導審計系統的教育培訓和精神文明建設。
　　機關黨委。負責署機關、派出機構和在京直屬事業單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　審計署機關行政編制為４５０名（含派出審計機構人員編制）。其中：審計長１名，副審計長４名，司局級領導職數９７名（含派出審計機構司局級領導職數６０名和機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、機關后勤服務機構及人員編制按有關規定另行核定。

　五、其他事項
　　（一）關于審計署派出審計機構。
　　審計署設置３０個左右派出審計機構，每個派出審計機構審計一個或幾個國務院部門、國務院直屬事業單位及其在京下屬單位的財務收支。派出審計機構的人員從審計署機關、駐地方審計特派員辦事處和國務院有關部門中選任并實行部門回避制和定期輪換制，其任免獎懲、工資福利、后勤保障等均由審計署直接管理，所需經費由財政部直接撥給審計署。派出審計機構人員有權列席、參加被審計單位領導班子和其他方面的有關會議。被審計單位應為派出審計機構提供必要的、長期使用的辦公用房和其他辦公設施，國務院機關事務管理局為派出審計機構統一調配必要的公務交通工具。派出審計機構的具體設置由中央機構編制委員會辦公室商審計署另行確定。
　　（二）關于審計署派駐地方的審計特派員辦事處。
　　根據需要，審計署跨地區派駐若干個審計特派員辦事處，根據審計署的授權和安排，審計省級財政預算執行情況和決算；審計海關總署、國家稅務總局、中央國庫駐地方分支機構的財務收支；審計中國人民銀行、中央國有金融機構、證券公司駐地方分支機構的財政財務收支；審計監督省級人民政府管理的資源環保資金、社會保障資金和其他專項資金；參加對派有稽察特派員的國有重點大型企業、國家重點建設項目和其他國有企業、國家建設項目的審計監督；承辦審計署交辦的事項。派駐地方的審計特派員辦事處人員實行定期輪換制，由審計署統一調配任命，其行政編制總額、司局級領導職數由中央機構編制委員會辦公室商審計署另行核定。