一、職能轉變
　　根據建立社會主義市場經濟體制和加快經濟發展的要求，繼續深化煤炭工業管理體制改革：煤炭部進一步簡政放權，促進企業轉換經營機制；加強行業管理，促進各類煤炭企業的發展和地方煤礦的整頓、扶持、改造、聯合、提高；培育和發展煤炭市場，促進資源優化配置；隨著市場的發育和煤價的放開，促使國有重點煤礦逐步發展為以煤為本、多種經營的企業集團，以增強企業的實力和活力，加快部由直接管理向間接管理的轉變。
　　實行上述改革，煤炭部的職能轉變如下：
　　－－逐步取消指令性生產計劃，改為指導性計劃。除國家規定的考核指標外，部只考核盈虧和百萬噸死亡率兩項指標。主要職能轉為研究和制訂行業發展戰略、布局和規劃。
　　－－不再于預企業生產經營活動，逐步取消指令性物資分配。主要職能轉為產、運、需的平衡及協調外部關系。
　　－－三年內逐步取消統配煤炭指令性分配計劃，放開煤價。主要職能轉為研究改革煤炭訂貨、銷售和運輸體制，培育和發展煤炭市場。
　　－－下放干部管理權限，大幅度減少部直接管理干部的數量。勞動工資只管工資總額等宏觀管理，不干涉企業的勞動用工權。
　　－－企業自有資金自主使用。部只集中噸煤一元維簡費，用于救災補助和支持科研、教育等事業。主要職能轉為制訂經濟政策，協助綜合經濟部門運用經濟杠桿，引導企業提高經濟效益。

　二、主要職責
　　煤炭部是國務院主管全國煤炭行業的職能部門。主要任務是：統籌規劃、合理開發和利用煤炭資源；優化煤炭工業結構和產業結構，加快煤炭工業生產建設和綜合利用、多種經營、第三產業的發展；推動企業轉換經營機制，培育煤炭市場；依靠科學技術進步，改善經營管理，提高經濟效益；監督國有資產保值增殖。主要職責是：
　　（一）根據國家有關方針、政策、法規，研究制訂發展我國煤炭工業的方針、政策、行業規范和規章。
　　（二）根據國民經濟和社會發展的需求，制訂煤炭工業發展戰略，編制長遠發展規劃和年度計劃；統籌規劃煤炭工業布局，優化產業結構和產品結構，發展煤炭洗選加工、綜合利用、多種經營和第三產業；搞好煤炭行業節能、環保工作。　
　　（三）統籌規劃、合理開發和利用煤炭資源；對各種投資渠道、各種經營形式的煤礦實行行業管理和宏觀管理。對重大建設項目和限額以上技術改造項目進行審查并提出立項建議，協調國家重點建設項目的內、外部關系。
　　（四）研究制訂煤炭工業體制改革的總體規劃及配套措施，并推動實施。推進企業轉換經營機制。培育和發展煤炭市場。
　　（五）按照國家年度煤炭生產、分配和進出口計劃，協調煤炭工業同地方政府以及運輸、電力、冶金等有關部門的關系，保障企業正常生產經營秩序。
　　（六）負責煤炭行業科技和教育工作，組織協調煤炭行業重大技術攻關，歸口管理煤炭工業技術、計量監督。培養煤炭工業專業人才。管理直屬大型企業和少數事業單位的主要領導干部。
　　（七）負責政府間煤炭工業的對外經濟、技術合作與交流，發展煤炭工業進出口貿易，擴大對外開放。歸口管理重大煤炭技術裝備和人才引進。
　　（八）根據國家礦山安全法規和煤礦安全規程，監督檢查煤礦安全生產。
　　（九）對大型骨干煤炭企業國有資產的保值增殖實施監督、檢查和評價，負責管理直屬事業單位國有資產。
　　（十）匯集發布煤炭行業國內外經濟、科技、市場信息，為企事業單位提供信息、技術、管理咨詢及人才交流等服務。
　　（十一）承擔國務院交辦事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，煤炭部設十一個職能司和機關黨委：
　　（一）辦公廳
　　協調和組織機關辦公以及值班、文秘、接待工作；負責管理體制及機構編制、社團管理工作；負責信訪、保密、檔案和機關行政管理工作。
　　（二）政策法規司
　　研究制訂發展煤炭行業的方針、政策和法規；組織起草重要報告、綜合性文件；歸口管理行業法規、規范和煤炭經濟體制改革；指導行業思想政治工作。
　　（三）規劃發展司
　　組織研究煤炭行業發展戰略，編制煤炭行業發展和煤炭資源利用規劃及年度生產、基建、引進計劃；綜合平衡、協調與其他行業的配合協作；制定煤炭工業基本建設、經濟技術政策、規程、規范和標準；負責重大建設項目的立項審查和新礦區建設、老礦區總體發展規劃審查。
　　（四）生產協調司
　　制訂煤炭生產技術政策、規程和標準；協調煤炭企業內外部關系；指導、協調地方煤礦的整頓、扶持、改造、聯合、提高；指導煤礦質量標準化和現代化礦井建設；負責限額以上生產礦井、洗煤廠改擴建和技改項目的立項審查；規劃、協調行業環保工作。
　　（五）煤炭調運司
　　在國家宏觀計劃指導下，編制煤炭調運計劃，協調產、運、需關系，掌握和研究煤炭運銷和市場信息，培育和發展煤炭市場，推進煤炭運銷體制改革。
　　（六）安全司
　　制訂煤炭行業的安全規程；監督安全法規的貫徹執行；協調重大傷亡事故的救護及調查；組織安全培訓。
　　（七）財務勞資司
　　協同有關部門運用經濟杠桿和工資政策調控煤炭企業發展生產，提高經濟效益。對大型骨干煤炭企業國有資產的保值增殖實行監督、檢查和評價，負責管理部直屬事業單位國有資產；制訂企業工效掛鉤辦法，對工資總額進行宏觀管理；推進煤炭行業職工養老保險、醫療保險、工傷保險制度和住房制度改革。審查匯編部屬企事業單位年度財務決算。
　　（八）人事司
　　制訂煤炭工業人事管理的方針、政策和規章制度；編制煤炭工業人才規劃及干部年度需求計劃；管理部機關及部屬事業單位人事工作。
　　（九）科技教育司
　　制訂煤炭工業科技教育發展方針、政策和規劃，以及重大技術法規、標準、規范；組織重大技術攻關，歸口管理重大新技術、新工藝、新產品的鑒定、推廣，以及專利和技術監督工作。審定院校發展規劃，編制年度院校招生計劃；歸口管理教育行政工作，推進直屬高校改革。
　　（十）綜合利用多種經營司
　　研究制訂煤炭資源合理開發、綜合利用的方針、政策；協同有關部門編制煤炭行業產業結構、產品結構調整和資源綜合利用規劃；協調、指導企業發展資源綜合利用、多種經營和第三產業；協調安排發展三產的貸款和資源綜合利用、煤炭深加工及節能專項資金。
　　（十一）國際合作司
　　組織政府間及民間國際煤炭經濟技術合作與交流。
　　（十二）機關黨委
　　負責部機關及在京直屬企事業單位的黨群工作。
　　紀檢、監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。

　四、人員編制和領導職數
　　煤炭部機關行政編制為三百一十名。其中，部長一名，副部長四名；正副司局長三十八名（含總工程師一名，機關黨委專職副書記二名）。
　　這次機構改革，機關精減九百多人，采取充實和組建若干實體性公司和事業單位以及充實現有社團組織等措施，進行分流。
　　通過機構改革、分流人員，適當調整部屬公司與事業單位。需調整和新組建的公司和事業單位，按有關規定辦理審批手續。按《關于黨政機構改革方案的實施意見》要求，新建事業單位要逐步實行自收自支。

　五、理順關系的幾個問題
　　（一）理順投資管理體制問題，待按國務院新的改革措施執行。
　　（二）對各種投資渠道、各種所有制辦的煤礦，煤炭部實行行業管理，不干預企業的經營活動，充分發揮煤礦主管部門的作用。
　　（三）煤炭部對東北內蒙古煤炭公司、地方煤炭公司和華晉焦煤公司實行歸口管理。
　　（四）與電力部的關系。
　　１、煤炭部在電力部大力支持下自建的坑口電廠聯入電網應符合技術標準，服從電網統一調度，參加電網調峰；電力部對煤炭部自建的坑口電廠在政策上應與大電廠一視同仁。
　　２、原能源部歸口管理的伊敏煤電聯營公司，參加東北電力集團。公司應是股份公司，其章程由投資方商定，由電力部商煤炭部批準。電力部和煤炭部對公司分別進行行業管理。伊敏河水泥廠的管理體制，按照“誰投資，誰管理”的原則，由煤炭部商有關投資方確定。煤、電雙方共同做好工作。
　　（五）與鐵道部、交通部的關系。
　　１、在國家宏觀計劃指導下，煤炭部與鐵道部、交通部具體協商煤礦的煤炭鐵路運輸計劃及通過主要港口的水陸聯運計劃，并協調年度計劃的調整。
　　２、按照年度煤炭計劃，煤炭部統一組織煤炭系統向鐵路部門提出月度鐵路運輸計劃，統一組織煤炭系統辦理執行月度煤炭計劃外運輸。煤炭部與鐵道部共同協調處理編制和執行月度計劃中出現的問題。
　　按照年度訂貨合同，煤炭部組織煤炭系統向交通部門提出月度通過主要港口的水陸聯運計劃，組織煤炭系統辦理月度煤炭計劃外運輸，會同交通部協調處理月度計劃中出現的問題。
　　３、煤炭部、鐵道部、交通部共同制訂和修訂“煤炭合理運輸流向”。煤炭部、鐵道部共同審批辦理違流和特殊情況的煤炭運輸。
　　（六）與各省、自治區煤炭管理部門的關系，由煤炭部按照政企分開的原則和煤炭工業管理體制改革的方向統籌考慮，提出改革方案，經中編辦協調審核，商地方政府同意后實施。