根據國務院辦公廳國辦發(1994)49號文件審定印發的衛生部“三定”方案,衛生部行政編制為404人。
經黨組會研究決定,部機關行政編制分配如下:部領導6人,辦公廳59人,政策法規司18人,人事司28人,計劃財務司30人,醫政司28人,疾病控制司29人,地方病防治辦公室18人,衛生監督司28人,科技教育司39人,婦幼衛生司19人,藥政管理局30人,國際合作司26人,保健局14人,全國愛國衛生運動委員會辦公室21人,機關黨委11人,共計404人。
辦公廳內設:辦公室、秘書處、檔案處、信訪處、財務處、行政處、房管處、保衛處。
政策法規司內設:綜合處、政策研究處、法規處、新聞出版處。
人事司內設:綜合處、黨政干部處、公務員管理處、專業人才管理處、勞動工資處。
計劃財務司內設:綜合處、計劃處、直屬財務處、基建處、裝備管理處、國有資產管理處。
醫政司內設:綜合處、醫療管理處、基層衛生處(衛生部初級衛生保健辦公室)、特殊人群醫療康復處、護理處。
疾病控制司內設:綜合計劃處、計劃免疫處、非傳染性疾病控制處、防疫一處、防疫二處、防疫三處。
地方病防治辦公室內設:綜合處、地方病一處、地方病二處。
衛生監督司內設:綜合處、傳染病法規監督處、食品衛生監督處、勞動與放射衛生監督處、執法監督管理處。
科技教育司內設:綜合處、衛生標準管理辦公室、科技計劃處、科技成果處、科技交流處、高等教育處(衛生部學位辦公室)、中等教育處、成人教育處。
婦幼衛生司內設:綜合處、婦女衛生處、兒童衛生處、規劃管理處。
藥政管理局內設:綜合監督管理處、標準注冊管理處、特殊藥品管理處、中藥管理處、生物制品管理處、醫用器材管理處。
國際合作司內設:綜合處、國際處、雙邊關系處、衛生部港澳臺辦公室。
保健局內設:辦公室、醫療處、保健處。
全國愛國衛生運動委員會辦公室內設:綜合協調處、監督檢查處、農村改水與環境衛生指導處、健康教育處。
機關黨委內設:辦公室(含共青團、工會)、組織部、宣傳部、紀委。
另外,駐部紀檢組、監察局行政編制14名,內設:紀檢監察綜合室、紀檢監察一室、紀檢監察二室。
審計署駐部審計局行政編制10名,內設:審計一處、審計二處。
離退休干部局單列行政編制23名,內設:辦公室、綜合指導處、生活管理處。
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