根據第八屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案，保留審計署。按照轉變職能，理順關系，精兵簡政，提高效率的原則和黨的十四大關于強化審計監督的精神，確定審計署的職能配置、機構設置和人員編制。

　　一、職能轉變

　　審計署職能轉變的重點是：強化審計監督職能，維護國家財經法規，監督國家資金的管理和使用，充分發揮其在國民經濟宏觀管理中的作用；按照統一領導、分級審計的原則，加強對國務院各部門特別是經濟管理部門和省級人民政府財政收支的直接審計。減少統一部署的審計項目，地方的審計項目一般由地方審計機關根據政府的要求自行安排；改革企業審計辦法，減少對企業的直接審計，重點審計占有、使用國有資產數額較多和接受國家財政補貼較多的中央部屬國有企業，對其他中央部署國有企業逐步改為由審計事務所、會計師事務所進行審計，審計機關在必要時進行抽審。

　　二、主要職責

　　依據憲法規定，審計署對國務院各部門和地方各級人民政府的財政收支，對國家的財政金融機構和企事業組織的財務收支，進行審計監督。

　　根據《中華人民共和國審計條例》的規定，審計監督工作實行統一領導、分級審計的原則。審計署的主要職責是：

　　（一）組織領導全國的審計工作，研究制訂審計法律、法規和審計工作的方針、政策，確定工作重點，制定審計業務規章制度，組織某些行業和專項資金審計。

　　（二）直接進行下列審計：1.國務院各部門和接受中央財政撥款單位的財政、財務收支及其資金使用效益。

　　2.國務院各部門和省級人民政府預算外財政資金的收支及其使用效益。

　　3.國家金融機構信貸計劃的執行及其結果。

　　4.國務院管理的經濟實體和部委歸口管理、財務單列經濟實體的盈虧真實和國有資產的保值增值。

　　5.國家重點建設項目的資金來源、使用情況和經濟效益。

　　6.省、自治區、直轄市和計劃單列市的財政收支。

　　7.國務院各部門、經濟實體、專業銀行和省、自治區、直轄市、計劃單列市借用的國外資金和使用的國外援助資金。

　　8.國家計劃、金融部門對社會集資和債券發行的審批情況。

　　（三）組織駐國務院各部門和駐地方派出機構，對國務院各部門、經濟實體所屬的企事業組織（包括有國有資產的中外合資經營企業、中外合作經營企業、國內聯營企業和其他企業），國家金融機構的分支機構，國家重點建設項目等進行審計。

　　（四）處理地方被審計單位對省級審計機關審計決定的申訴。

　　（五）協同地方辦理省級審計機關負責人的任免事項。

　　（六）對審計中發現宏觀管理方面的問題，進行專題審計并向國務院反映情況，提出建議。

　　（七）指導和監督注冊審計師協會和審計事務所。

　　（八）指導內部審計工作。

　　（九）組織開展審計領域的國際交流活動。

　　（十）承辦國務院交辦的其他審計事項。

　　三、內設機構

　　根據上述職責，審計署設14個職能司和機關黨委。

　　（一）辦公廳負責政策研究，草擬、修改重要文件，反映情況，編輯內部刊物、審計信息，承擔對外宣傳和文書、檔案、信訪工作，負責同駐部門、地方派出機構進行聯系和機關行政管理等工作。

　　（二）綜合司負責編制署機關和派駐機構的審計工作計劃，匯編全國審計工作計劃和審計工作統計報表；劃分審計范圍，協調各業務司和派駐機構的審計事項；管理審計事業經費；對署所屬單位的財務收支進行審計等工作。

　　（三）法規司負責草擬審計法規，復核重大審計事項決定，參與研究財政經濟法規等工作。

　　（四）財政審計司負責審計省、自治區、直轄市和計劃單列市的預算收支和預算外財政資金的收支及其使用效益以及地方財稅管理情況。

　　（五）金融審計司負責審計國家金融機構信貸計劃的執行及其結果。根據署的計劃，具體組織駐地方派出機構對國家金融機構在地方的分支機構和各地區、有關部門的債券發行、社會集資審批進行審計。

　　（六）行政事業審計司負責審計國務院政法、文教等部門和直屬機構、辦事機構、事業單位的財政、財務收支及其資金使用效益。根據署的計劃，具體組織駐部門、地方派出機構對這些部門管理的某些專項資金進行審計。

　　（七）工業交通審計司負責審計國務院工業、交通部門和所屬經濟實體、部委歸口管理財務單列經濟實體的財政、財務收支及其經濟效益和國有資產的保值增值。根據署的計劃，具體組織駐部門、地方派出機構對工業、交通部門的直屬單位進行某些行業審計、專項資金審計和專題審計調查。

　　（八）商貿審計司負責審計國務院國內貿易、對外貿易經濟合作等部門和所屬經濟實體、部委歸口管理財務單列經濟實體的財政、財務收支及其經濟效益和國有資產的保值增值。根據署的計劃、具體組織駐部門、地方的派出機構對內貿、外貿部門的直屬單位進行某些行業審計、專項資金審計和專題審計調查。

　　（九）固定資產投資審計司負責審計國務院各部門管理的固定資產投資、施工企業的財務收支及其經濟效益。根據署的計劃，具體組織駐地方派出機構對國家重點建設項目的資金來源、使用情況和經濟效益進行審計。

　　（十）農業審計司負責審計國務院農業、林業、水利部門的財政、財務收支及其資金使用效益。根據署的計劃，具體組織駐部門、地方派出機構和地方審計機關對農業、林業、水利部門管理的某些專項資金進行審計和專題審計調查。

　　（十一）外資運用審計司負責審計國務院各部門和省、自治區、直轄市和計劃單列市借用的國外資金和使用的國外援助資金。根據署的計劃，具體組織駐地方派出機構和地方審計機關對世界銀行、亞洲開發銀行等國際金融組織的貸款項目進行審計。

　　（十二）審計管理司負責對地方審計工作的檢查；指導內部審計工作；通過注冊審計師協會指導、監督審計事務所和注冊審計師的工作。

　　（十三）人事教育司負責辦理署機關、派出機構、事業單位的干部調配、任免、工資福利、專業技術職稱考評；同地方協商省級審計機關負責人的任免事項；編制審計系統的干部教育規劃，指導干部培訓工作。

　　（十四）外事司負責辦理署機關及直屬單位人員出國考察、訪問的有關事項，接待外國審計機關來訪團組，組織專家講學，同外國審計機關、國際審計組織進行聯系。

　　（十五）機關黨委負責署機關和在京直屬單位的黨群工作。

　　四、駐國務院各部門派出機構

　　審計署在國務院三十七個部門設立審計派出機構，根據署的授權，負責審計所在部門在京的直屬企事業組織（少數部門審計全系統的直屬企事業組織）的財務收支，調查行業經濟效益，指導行業的內部審計工作。駐部門派出機構，實行審計署和駐在部門雙重領導，以審計署領導為主的體制。

　　五、人員編制和領導職數

　　審計署機關行政編制為475名，駐國務院各部門派出機構行政編制為369名（另有45名事業編制），共844名。其中，審計長1名，副審計長4名，現有超配的1名副審計長，作為過渡，調離或退下來后不再增補。司級領導職數47名（含機關黨委專職副書記2名；財政、金融、固定資產投資審計司3個司按1正3副配備）。駐國務院各部門派出機構司級領導職數，平均按1正1副配備。

　　經檢、監察等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。