一、主要從事應用基礎研究或向社會提供公共服務，無法得到相應經濟回報，國家財政給予經常性經費補助、確需國家支持的國務院部門（單位）所屬社會公益類科研機構，經科技部、中編辦、財政部、稅務總局批準，可按本意見精神，按照非營利性機構運行和管理。

　二、非營利性科研機構以推進科技進步為宗旨，不以營利為目的，主要從事社會公益為主的科學研究、技術咨詢與服務活動。

　三、非營利性科研機構具有獨立法人資格，執行國家的法律、法規，在政府有關部門的指導、監督下，自主管理。
　　非營利性科研機構要根據國家法律、法規的規定和出資者的約定，制定章程，明確機構宗旨、業務領域、組織結構、決策監督程序、內部管理制度等。

　四、申請按非營利性機構運行和管理的科研機構，要調整和明確業務方向，優化結構、分流人員，由主管部門（單位）報科技部、財政部、中編辦、稅務總局共同審核，認定為非營利性科研機構，并在國家機構編制管理部門進行事業單位法人登記。

　五、非營利性科研機構可以通過以下方式獲得發展資金：
　　（一）政府資助，國家對非營利性科研機構的正常運行、設備購置、基本建設等給予一定的資金支持；
　　（二）承擔政府、企業、其他社會組織和個人的委托項目；
　　（三）社會捐贈；
　　（四）為社會提供有償服務；
　　（五）其他合法收入。
　　政府和其他社會力量對非營利性科研機構撥入和捐贈的資產不得抽回。任何機構和個人不得以任何方式從非營利性科研機構獲取投資回報。
　　非營利性科研機構向社會提供有償服務的收入按國家規定留給單位的部分，全部用于自身發展。

　六、對非營利性科研機構的管理，科研機構主管部門（單位）要逐步將直接領導轉為通過參加理事會參與科研機構決策，對科研機構賦予自主權，最終實現非營利性科研機構經營管理的社會化。
　　非營利性科研機構要積極探索實行理事會決策制、院（所）長負責制、科學技術委員會咨詢制和職工代表大會監督制度：
　　（一）理事會負責面向社會公開選聘和推薦院（所）長，審定發展規劃、年度工作計劃和財務收支計劃，監督業務和管理活動的合法性。理事會成員由主管部門（單位）代表、本單位代表、行業專家代表、有關出資方代表組成。
　　（二）院（所）長是法人代表，執行理事會決議，負責科研業務和日常管理工作，對理事會負責。
　　（三）科學技術委員會負責對重大科學技術問題提出咨詢意見。
　　（四）職工代表大會負責監督。

　七、非營利性科研機構全面推行聘任制。面向社會公開招聘工作人員，根據實際需要自主決定招聘人員數量，確定崗位設置、不同等級專業技術職稱比例及受聘人員的職位等級，通過合同方式依法確定單位和個人的權利義務關系。聘任合同可分為短期合同和長期合同，或以完成某項科研任務為合同期限。對被聘用人員實行崗位責任制管理，定期考評；對經考評不合格人員、聘用合同到期后未續聘人員和被辭退人員，依照國家有關規定解除合約。
　　非營利性科研機構應執行國家關于事業單位的工資制度，應行工資總額包干，按崗定酬，按任務定酬，按業績定酬，對其工資構成中活的部分加大自主分配力度。
　　非營利性科研機構按照國家有關規定參加城鎮職工養老、基本醫療和失業保險。

　八、非營利性科研機構暫按科學事業單位的財務會計制度執行。其年度預算經主管部門審核匯總，報財政部門核定。

　九、非營利性科研機構稅收政策。
　　（一）非營利性科研機構從事技術開發、技術轉讓業務和與之相關的技術咨詢、技術服務所得的收入，按有關規定免征營業稅和企業所得稅。
　　（二）非營利性科研機構從事與其科研業務無關的其他服務所取得的收入，如租賃收入、財產轉讓收入、對外投資收入等，應當按規定征收各項稅收；非營利性科研機構從事上述非主營業務收入用于改善研究開發條件的投資部分，經稅務部門審核批準可抵扣其應納稅所得額。
　　（三）非營利性科研機構自用的房產、土地、免征房產稅、城鎮土地使用稅。
　　（四）社會力量對非營利性科研機構的新產品、新技術、新工藝所發生的研究開發經費資助，可依照稅收法律、法規規定，允許在當年度應納稅所得額中扣除。

　十、非營利性科研機構要接受政府相關部門及社會有關方面的監督。于每年第一季度向主管部門（單位）和科技行政管理部門報送上一年度的工作報告，接受業績考核。
　　科技行政管理部門會同財政等有關部門對非營利性科研機構的運行績效定期進行評估考核。

　十一、科研機構按非營利性機構運行和管理的認定條件、規章制度和配套政策等，由科技部會同財政部、中編辦、國家稅務總局另行制定。

　十二、地方所屬科研機構按非營利性機構運行和管理，可以參照本意見執行。