一、職能轉變
　　農業部要從４個方面轉變職能：從微觀的直接管理，轉向宏觀的間接管理與調控；從主要依靠行政手段，轉向主要依靠經濟、法律和必要的行政手段，通過調控市場指導農村經濟發展；從單一的生產管理，轉向對農業進行種養加、產供銷、貿工農的一體化管理與服務；從主要指導農牧漁業，轉向對整個農村經濟的綜合管理。為此，要逐步取消農牧漁業指令性生產計劃和企業更新改造、留利分配等微觀管理職能；將建設項目前期工作、產品評優、成果評獎、咨詢、培訓、技術指導、科學普及等工作逐步轉移給事業單位和社團組織；逐步弱化對部屬院校和事業費、預算外經費管理等工作；創造條件，采取不同形式，把不屬于面向全國的科研單位、大專院校下放到地方，并將企業的經營管理職能全部下放給企業。同時，要強化政策法規、監督管理、市場信息、資源環境、質量標準、科教興農、國際合作以及指導農村經濟組織健康發展等方面的職能。

　二、主要職責
　　農業部是國務院主管農村經濟和綜合管理種植業、畜牧業、漁業、農墾、鄉鎮企業、飼料工業及農業機械化的職能部門。主要職責是：
　　（一）研究制訂農村經濟發展戰略、方針，重大的經濟政策、技術政策和產業政策；組織有關農村經濟及主管產業的法律、法規起草工作；研究制訂農民奔小康的規劃、措施并組織實施。
　　（二）指導農村經濟體制改革，制訂農村經濟體制改革的方案，包括農村的生產、流通、分配體制以及農業投入與勞動管理體制的改革方案，經國務院批準后組織實施；負責農村改革試驗區工作。
　　（三）編制主管產業的發展規劃、計劃并監督實施；負責主管產業的結構布局調整、資源配置、產業間的綜合平衡；根據審批權限，負責主管產業建設項目的立項、審批；指導、檢查、監督農業區域開發工作；參與主要農產品進出口計劃工作。
　　（四）參與研究制訂和調整農產品、農業生產資料的價格政策，農村信貸政策，農村稅收與財政補貼政策；參與綜合運用經濟調節手段調控市場，引導生產。
　　（五）指導農村經濟組織的建設與發展；指導農村聯產承包責任制和雙層經營體制的穩定與完善；宏觀指導鄉村集體經濟組織的管理工作；指導農村承包合同管理，負責減輕農民負擔工作的監督管理；協調全國農村內部各種經濟利益關系等。　
　　（六）研究制訂全國“菜籃子工程”的規劃、政策、改革方案和協調“菜籃子工程”的實施工作；研究農村市場的發展方向和指導措施；組織協調農、牧、漁產品加工與流通；研究提出農用生產資料的年度和中長期需求計劃，會同有關部門分配計劃內農用生產資料；協同有關部門管理農村信息統計工作，指導主管產業信息系統建設。
　　（七）制訂農業科技、教育、技術推廣的方針和規劃；組織重大科研課題的技術攻關和重大科研成果的鑒定、推廣；指導和協調農業服務體系建設；歸口管理部屬農業院校和科研單位；指導中等農業專業教育和農民職業教育等工作；負責農業宣傳工作。
　　（八）組織制訂主管產品的技術標準，協同有關部門制訂其他產品的技術標準；負責主管產業產品和化肥、農藥等有關農業投入品的質量監測、鑒定和監督管理；組織監督農業方面的國家、行業標準的實施；依法負責綠色食品的標準認證及開發工作。
　　（九）主管全國動植物內外檢疫（不含森林植物內檢）工作的獸醫管理、獸藥的藥政藥檢工作；負責國內生產和進口農藥產品的登記，代表國家對外行使動植物檢疫和漁政漁港監督管理的權力。
　　（十）按分工管理農業資源、農村環境保護和能源工作；指導農業資源、農村能源的綜合利用；主管全國農業資源區劃工作；依法或根據授權負責農用地、漁業水域、草原、灘涂、濕地以及農業生物資源的保護和管理；參與村鎮建設規劃。
　　（十一）主管農業涉外事務和國際經濟、科技交流與合作，指導農業援外工作；歸口管理與聯合國糧農組織、世界糧食計劃署、世界糧食理事會和國際農業發展基金會等有關農業國際機構的業務；推動全國農業對外開放工作。
　　（十二）負責主管產業的行業管理，指導行業協會工作；負責農機監理和試驗鑒定，宏觀指導農牧漁業機械的使用與維修管理以及漁業機械、船舶機械的生產管理。
　　（十三）完成國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，農業部設１９個職能司局和機關黨委。
　　（一）辦公廳
　　協助部領導處理日常工作，協調機關政務工作，負責會議組織、文秘、檔案、信訪、保密、保衛、政務信息等工作，負責新聞發布和全國農業勞模評選、表彰的有關工作，組織有關綜合性報告的起草工作，組織制定機關內部規章制度，指導農業宣傳和出版工作。
　　（二）人事勞動司
　　管理部機關并指導直屬單位的人事、機構編制、培訓和勞動工資工作，歸口管理主管產業的安全生產工作，協同有關部門制訂農業系統專業技術職務和勞動工資標準。
　　（三）政策體改法規司
　　研究制訂發展農村經濟及農民奔小康的方針、政策，制訂農村經濟體制改革方案并組織實施，組織、協調主管產業的法律、法規起草工作，對其他部門起草的法律、法規中有關農業和農村經濟的條款提出審核意見，監督檢查農業法規、規章的執行情況，承擔農業行政復議工作，承擔政策性文件和部分綜合性報告的起草工作。
　　（四）農村合作經濟指導司
　　指導農村各類合作經濟組織的發展和管理，指導農村聯產承包責任制和雙層經營體制的穩定和完善，指導農村承包合同管理，指導鄉村集體經濟組織的財務會計、資產管理、資金融通和審計工作，負責減輕農民負擔工作的監督管理，協調農村內部各種經濟利益關系等。
　　（五）綜合計劃司
　　組織研究制訂農業發展戰略和區域開發規劃，與有關部門共同研究制訂農村經濟宏觀調控措施，編制農業中長期發展規劃和年度計劃并監督實施，制訂農業技術改造計劃，負責農業各產業之間的綜合平衡，根據權限負責建設項目的初審和審定，組織制訂農業生產資料中長期需求計劃，編制直屬直供單位及主管建設項目的物資供應和分配計劃，參與主要農產品進出口計劃工作，參與農產口進出口和關稅政策的研究制訂。
　　（六）財務司
　　管理部管各項資金，指導直屬單位財務管理工作，監督管理部屬單位的國有資產，指導全國農業系統的財務會計工作，參與研究制訂農村信貸規模、結構和利率以及稅種、稅率、財政補貼和貼息等政策，指導企業管理工作。
　　（七）科學技術與質量標準司（對外使用農業部質量辦公室的名稱）
　　制訂農業科研、技術推廣的方針、政策、法規、規劃及農業科技體制改革方案并組織實施，協調、組織重大科研項目的攻關、技術開發、示范推廣，管理科技成果、專利和科技經費工作，指導、協調農業服務體系建設工作，歸口管理部屬科研單位，綜合管理主管產業及農村能源方面的質量標準工作，組織擬定主管產品的技術標準，協同有關部門擬定其他產品的技術標準，監督農業投入品和農產品質量，協同有關部門依法打擊制售假冒偽劣產品活動，指導農業系統的質量認證工作。
　　（八）教育司
　　研究制訂全國農業教育方針、政策、規劃，負責全國農業院校的業務指導，管理部屬農業院校，選派和管理部直屬單位的出國留學人員，指導中等農業專業教育和全國農民職業教育工作，制訂農業干部培訓規劃，指導并協調部內各司局的業務培訓工作。
　　（九）國際合作司
　　管理農業涉外工作，負責農業對外經濟技術交流與合作，調研國際農業動態，歸口管理與聯合國糧農組織、世界糧食計劃署、世界糧食理事會和國際農業發展基金會及其他有關農業國際機構的業務，推動全國農業對外開放工作。　
　　（十）環保能源司
　　按分工管理農村環境保護、農村能源建設和節能工作，研究制訂農村環境保護、農村能源建設的方針、政策、法規和標準并監督實施，提出農村環境保護和能源建設的規劃及重大技術措施并負責試點、示范、推廣的組織管理工作，負責農業環境污染的控制與防治。
　　（十一）農業資源區劃管理司（全國農業資源區劃辦公室）
　　管理農業資源及其區劃工作，組織農業資源和農業自然生態環境的調查評價工作，組織監測全國農業資源消長動態，協調農業資源調查評價分類體系與技術規程，依法或根據授權綜合管理農用地、漁業水域、草原等，編制全國或區域性的農業資源開發利用保護規劃并組織實施，負責農業區域開發治理實驗區工作。
　　（十二）市場信息司
　　研究制訂全國“菜籃子工程”的規劃、政策、改革方案和協調“菜籃子工程”的實施工作，研究制訂有關農副產品流通的政策、法規，推動農副產品產供銷一體化，研究制訂農副產品批發市場及要素市場體系的規劃、布局、法規、制度和調整農產品、農業生產資料價格的政策，指導農副產品加工與消費，協同有關部門制訂農村經濟統計信息體系規劃、方法、制度，定期發布農村經濟統計信息，指導農業部門信息系統建設。
　　（十三）農業司
　　研究制訂種植業發展的戰略、規劃、政策、法規、重大技術措施及主管產品的質量標準并組織監督實施，指導種植業結構和布局的調整，參與指導農產品的加工和流通，負責提出農用生產資料的需求計劃，負責農情信息發布，負責救災備荒種子的儲備、調撥工作，制訂并監督實施耕地保護與補償制度，指導種植業用地結構調整，主管化肥、農藥的肥效藥效等鑒定和質量監測、監督工作，歸口管理農業植物對內檢疫工作。
　　（十四）畜牧獸醫司。
　　研究制訂畜牧業、動物衛生和草原管理的戰略、規劃、政策、法規、重大技術措施及主管產品的質量標準并組織監督實施，參與指導畜產品產銷一體化和畜產品的流通、加工工作，按有關規定負責動物和動物產品的內檢及疫病防治、獸醫的醫政與獸藥的藥政藥檢等管理工作，保護畜產資源，負責草原保護、草地建設及資源開發工作，實施草原監理，協同林業部門保護草原野生動物。
　　（十五）農業機械化管理司
　　研究制訂農業機械化、設施農業工程和農用航空發展戰略、規劃和政策、法規及重大技術措施并組織監督實施，負責制訂農業機械使用監督檢驗標準并監督執行，指導農機維修和農用航空工作，負責拖拉機和其他農業機械的試驗鑒定和安全監理工作。
　　（十六）全國飼料工業辦公室　　
　　會同有關部門制訂飼料工業的發展戰略、規劃和政策、法規、重大技術措施及主管產品質量標準并監督執行，負責飼料工業的重大技術改造并審發生產許可證，協助組織全國飼料監測和質量檢驗工作，對飼料工業進行行業管理。
　　（十七）農墾局
　　主管農墾系統的經濟和社會管理工作，研究制訂農墾經濟與墾區社會發展戰略、規劃、政策、法規和經濟體制改革方案并組織實施，組織墾區完成國家交給的任務，制訂熱帶、亞熱帶地區作物發展規劃，負責農墾工作的對外協調以及各大墾區之間、農墾企業之間的協調工作，管理直屬、直供墾區和直屬企事業單位，對全國農墾企業實行宏觀指導。
　　（十八）鄉鎮企業局
　　研究制訂鄉鎮企業發展戰略、規劃和政策、法規并組織監督實施，指導鄉鎮企業體制改革和經營管理，提出農村富余勞動力的轉移規劃并組織實施，參與指導村鎮建設規劃，負責鄉鎮企業統計工作，會同有關部門對鄉鎮企業產品質量、標準工作進行指導、監督和管理，協調鄉鎮企業與有關行業管理部門的關系，指導鄉鎮企業環保、安全生產工作，協調和指導鄉鎮企業出口創匯工作。　　
　　（十九）漁業局（中華人民共和國漁政漁港監督管理局）
　　研究制訂漁業的發展戰略、規劃、政策、法規和技術進步措施及主管產品質量標準并監督執行，負責管理國家漁業資源和保護珍貴水生野生動物，維護國家海洋和淡水管轄水域的漁業權益，指導漁業經濟體制改革和經營管理工作，負責管理遠洋漁業開發，監督執行國際漁業公約和雙邊、多邊漁業協定，協調處理漁事糾紛，管理漁業水域生態環境和漁業電信工作，歸口管理全國水產品加工、流通和漁船、漁機、網具的制造和制碘工業，代表國家行使漁政漁港監督管理權。
　　（二十）機關黨委
　　負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制和領導職數
　　農業部機關行政編制為９２５名。其中，部長１名，副部長４名，現已超配的１名副部長作為過渡；正副司局長７３名（含總經濟師１名、總農藝師１名、總畜牧師１名，機關黨委專職副書記２名，機關紀委專職書記１名）。
　　紀檢、監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。
　　農業部動植物檢疫總所（對外稱中華人民共和國動植物檢疫總所）改名為農業部動植物檢疫局（對外稱中華人民共和國動植物檢疫局），原職能不變。
　　漁船檢驗局和東海區、南海區、黃渤海區漁政局，原承擔的職能不變。