一、主要職責
　　（一）負責研究制訂全國供銷合作社的發展戰略和發展規劃，指導全國供銷合作社的發展和改革。
　　（二）按照政府授權對重要農業生產資料、農副產品經營進行組織、協調、管理。
　　（三）維護各級供銷合作社的合法權益。
　　（四）協調同有關部門的關系，指導全國供銷合作社的業務活動，促進城鄉物資交流。
　　（五）宣傳貫徹黨中央、國務院有關農村經濟工作的方針、政策。
　　（六）代表中國合作社參與國際合作社聯盟的各項活動。
　　（七）承辦黨中央、國務院交辦的其他事項。

　二、內設機構
　　根據上述職責，本著精簡、效能的原則，供銷總社內設１０個職能機構和機關黨委。
　　（一）辦公廳
　　負責供銷總社機關重要會議的組織和會議決定事項的落實；組織有關調查研究和起草重要文件等工作；協調機關內部各部門的工作關系，制定機關工作制度，保證機關工作正常運轉；負責公文管理、秘書、機要、保衛、保密、檔案、信訪、政務信息、新聞發布和機關行政事務、房產管理等工作。
　　（二）人事教育部
　　負責供銷總社機關和直屬單位的人事與編制管理工作；負責省級供銷合作聯合社主任任職資格的管理工作；管理直屬院校，研究制訂全國供銷合作社教育發展規劃；組織指導本系統職工的業務、技術培訓和職業技術教育。
　　（三）綜合計劃部
　　根據國家總體發展戰略和規劃，負責研究擬定全國供銷合作社的發展戰略、規劃和年度計劃；參與制訂國家重要農業生產資料和重要農產品的產需平衡、儲備和進出口計劃；參與研究國家有關宏觀調控政策，參與制訂有關農業生產資料和農產品市場建設規劃；監督檢查本系統執行國家物價政策情況，為國家價格決策提出政策建議；編制本系統固定資產投資計劃和倉儲業發展規劃并組織實施；組織對系統內限額以上建設項目的初審，提出立項建議；協調系統商品運輸；辦理國家專項撥款和專項貸款的申報、分配；匯總統計報表，組織對農村市場的分析和預測預報。
　　（四）財會部（社有資產管理委員會）
　　組織實施國家有關財務、會計和稅務、信貸的法規、制度，指導本系統財務、會計工作；管理國撥專項資金、合作基金和社有流動資金，組織資金調劑，對資金使用情況進行監督；管理社有資產，擬定供銷合作社盈余分配制度。
　　（五）合作指導部
　　宣傳黨中央、國務院有關農村經濟工作的方針、政策，指導全國供銷合作社的體制改革；參與擬定有關法規，監督檢查各級供銷合作社執行國家法規的情況；組織指導本系統農業社會化服務體系建設；指導本系統組織建設、企業管理、勞動工資和專業技術職稱評定工作，指導本系統精神文明建設、思想政治工作和普法宣傳教育；協調同有關部門的關系，承擔法律咨詢和省級聯合社之間經濟糾紛的調解工作，依法維護各級供銷合作社的合法權益。
　　（六）國際合作部
　　負責供銷總社的國際事務工作，處理中國合作社參與國際合作聯盟各項活動的日常事務；開展與各國合作組織的經濟技術交流、有關人員培訓工作和友好往來；引進國外資金和先進管理經驗；按照有關政策和規定，組織協調本系統進出口貿易工作，推動全國供銷合作社的對外開放工作。
　　（七）科技工業部
　　按照國家的有關方針、政策，組織編制本系統科技、工業發展和技術改造規劃，指導本系統科技和工業的管理工作，協調本系統重大科技開發、技術引進、科技攻關和推廣應用工作；依照有關法律、法規、政策，協同有關部門管理本系統質量、標準和認證工作；管理直屬科研院所；協同有關部門推動、指導農民科技知識普及和科技興農工作。
　　（八）棉麻局
　　根據國家委托，負責棉花的購銷、儲備和管理；研究提出棉花和麻類購銷、加工、儲備的政策建議；參與研究棉花年度收購、供應、調撥、儲備和進出口平衡計劃并負責組織實施；參與制訂、修訂有關質量標準，指導本系統棉花加工、檢驗工作；推動本系統科技興棉服務工作。
　　（九）農業生產資料局
　　根據國家委托，負責化肥、農藥、農膜等重要農業生產資料購銷、儲備方面的管理；研究提出有關農業生產資料流通、價格政策的建議；參與管理農業生產資料市場；參與研究農業生產資料供需平衡和進出口計劃；指導基層供銷社為農民科學使用化肥、農藥等農業生產資料的服務工作。
　　（十）經濟發展部
　　研究提出本系統經濟發展的方針、政策和措施并組織實施；組織指導供銷合作社與農民合作興辦農產品商品基地和副食品基地的工作；申請辦理供銷合作社向政府承包農業開發項目和扶貧項目；負責指導本系統再生資源管理工作，參與制訂有關政策和辦法；根據國家的有關政策，組織協調蠶繭、煙葉、中藥材和食鹽、中西藥、石油等商品的代購、代營業務及農村圖書發行工作；負責邊銷茶計劃的組織實施；指導本系統大中型商場和飲食服務業的經營管理。
　　（十一）機關黨委
　　負責供銷總社機關和在京直屬單位的黨群工作。

　三、監事會
　　根據中發［１９９５］５號文件的規定，供銷總社設立監事會，其人員組成和主要職責由供銷總社章程確定。

　四、人員編制和領導職數
　　供銷總社機關事業編制（全額撥款）為２６０名。其中，理事會主任（正部級）１名，副主任（副部級）４名（主任由國務院領導同志兼任時，副主任可設５名）；內設機構正副司局級領導職數為４１名（含正副秘書長各１名，紀檢監察機構負責人３名，機關黨委專職副書記１名，監事會辦公室負責人２名）。
　　供銷總社紀檢、監察、審計機構為內設機構，人員編制包括在上述編制之內，不另行核定；后勤、老干部工作機構的人員編制，從已核定給國內貿易部的后勤、老干部工作機構人員編制中劃轉，具體事宜由供銷總社與國內貿易部按有關規定協商辦理。