一、職能調整
　　（一）劃出的職能。
　　１．將中央各部門集中交納稅款的征收管理工作，交給北京市等有關國家稅務局承擔。
　　２．將具有社會中介服務性質的工作，交給依法認定的社會中介機構承擔。
　　（二）劃入的職能。
　　１．財政部承擔的稅政調查研究職能和稅收法律法規的起草及其執行過程中的一般性解釋工作。
　　２．財政部承擔的國有企業所得稅征收管理職能。
　　３．國家稅務總局直屬事業單位承擔的海洋石油稅收管理職能。

　二、主要職責
　　根據以上職能調整，國家稅務總局的主要職責是：
　　（一）擬定稅收法律法規草案，制定實施細則；提出國家稅收政策建議并與財政部共同審議上報、制定貫徹落實的措施。
　　（二）參與研究宏觀經濟政策、中央與地方的稅權劃分，提出完善分稅制的建議；研究稅負總水平，提出運用稅收手段進行宏觀調控的建議；制定并監督執行稅收業務的規章制度；指導地方稅收征管業務。
　　（三）組織實施稅收征收管理體制改革；制定征收管理制度；監督檢查稅收法律法規、方針政策的貫徹執行。
　　（四）組織實施中央稅、共享稅、農業稅及國家指定的基金（費）的征收管理；編報稅收長遠規劃和年度稅收收入計劃；對稅收法律法規執行過程中的征管和一般性稅政問題進行解釋；組織辦理工商稅收減免及農業稅特大災歉減免等具體事項。
　　（五）開展稅收領域的國際交流與合作；參加涉外稅收的國際談判，草簽和執行有關的協議、協定。
　　（六）辦理進出口商品的稅收及出口退稅業務。
　　（七）管理國家稅務局系統（以下簡稱國稅系統）的人事、勞動工資、機構編制和經費；管理省級國家稅務局的正副局長及相應級別的干部，對省級地方稅務局局長任免提出意見。
　　（八）負責稅務隊伍的教育培訓、思想政治工作和精神文明建設；管理直屬院校。
　　（九）組織稅收宣傳和理論研究；組織實施注冊稅務師的管理；規范稅務代理行為。
　　（十）承辦國務院交辦的其他事項。
　　國家稅務總局對全國國稅系統實行垂直管理，協同省級人民政府對省級地方稅務局實行雙重領導。

　三、內設機構
　　根據上述職責，國家稅務總局設１２個職能司（局、廳）：
　　（一）辦公廳
　　處理總局機關日常政務，起草和審核有關文件和報告；負責會議組織、秘書事務、文電處理、文書檔案，信訪、保密、保衛、調研、政務信息和新聞發布；制定機關內部規章制度；管理機關財務和房產等行政事務。
　　（二）政策法規司
　　負責稅政調查研究；組織起草稅收法律法規草案和實施細則；研究提出稅制改革建議；擬定稅收業務的規章制度；組織實施對稅收法規、規章執行情況的監督檢查；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰工作；辦理稅務行政訴訟和行政復議。
　　（三）流轉稅管理司
　　負責增值稅、消費稅、營業稅的征收管理工作，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理，組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
　　（四）所得稅管理司
　　負責企業所得稅和個人所得稅的征收管理工作，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律、法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理；組織辦理有關稅收減免中的具體事項。
　　（五）地方稅務司（農業稅征收管理局）
　　負責地方各稅的稅收業務管理，制定具體的征收管理辦法；起草有關法律法規草案；對有關法律、法規在執行中的一般性問題進行解釋和處理；指導地方稅收征管業務；負責農業稅、牧業稅、農林特產稅、耕地占用稅、契稅的征收管理；組織辦理農業稅特大災歉減免中的具體事項。
　　（六）國際稅務司（海洋石油稅務管理局）
　　參與起草有關法律法規草案；研究提出國際間反避稅措施；參加涉外稅收的國際談判，草簽和執行有關協議、協定；承辦與國際貨幣基金組織、世界銀行等國際機構及外國稅務機關的合作與交流業務，管理機關的外事工作；管理海洋石油稅收業務。
　　（七）進出口稅收管理司
　　提出制定進出口稅收管理政策、規章和辦法的建議與意見；組織實施有關計劃，檢查有關政策的執行情況；辦理出口產品退稅審批事項。
　　（八）征收管理司
　　組織實施綜合性稅收征管法規及規章、制度；指導稅務登記、申報工作和稅收資料的管理；負責稅法宣傳；管理稅收發票和票證。
　　（九）稽查局
　　擬定稅務稽查制度、辦法并組織實施；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項并提出審理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作。
　　（十）財務管理司
　　管理國稅系統的經費、財務、裝備和固定資產；監督執行稅務系統財務制度；審核匯編直屬單位的財務預、決算；處理各項經費的領撥；組織實施國稅系統的內部審計。
　　（十一）計劃統計司
　　匯總分析全國稅收會計、統計信息數據；擬定稅收計劃和會計、統計制度并監督檢查執行情況。
　　（十二）人事司
　　擬定稅務系統的人事管理制度，管理國稅系統的人事、勞動工資、機構編制工作；承辦省級國家稅務局正副局長及相應級別干部的管理工作，對省級地方稅務局局長的任免提出意見；負責機關和直屬事業單位的人事管理；組織實施稅務系統的精神文明建設。
　　機關黨委。負責機關和在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制
　　國家稅務總局機關行政編制為２１０人。其中：局長１名，副局長４名，司局級領導職數４３名（含總經濟師１名、總會計師１名和機關黨委專職副書記）。
　　離退休干部工作機構、機關后勤服務機構及編制，按有關規定另行核定。